SAXSdb — 8k6e

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k6e
沉积日期 deposition_date	2023-07-25
最后修订 last_revision	2025-02-05
结构标题 title	LnaB-Actin-PRUb ternary complex
关键词 keywords	AMPylation, Legionella effector, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.35 Å
零角强度 I(0) i0	126091000.00
分子量 molecular_weight	89952.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112890 Å³
包络体积 envelope_volume	142080 Å³
水化壳体积 shell_volume	37964 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.5 Å
壳层 Rg shell_rg	38.10 Å
包络 Rg envelope_rg	31.29 Å
形状 Rg shape_rg	31.35 Å
总 Rg total_rg	31.94 Å
总原子数 total_atoms	6955
残基数 n_residues	789
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.5 Å
Rg (实空间) rg_real	31.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	126100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9050
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.261
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.587
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.934

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Actin gamma 1
分子量 formula_weight	41838.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7037

MEEEIAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF

Entity 2 polymer

描述 description	Legionella effector LnaB
分子量 formula_weight	40623.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSYQKIELSISLSLDSPKLDESDFILLSVKYLEKSLGKKKEFSGFFEDIEKLYFKQNYKEAIEKILDFCKKNESLLSEQVVQRLAEVAPRLKSNPKDNESRRLYETLYADHLESVIKQESDLSVFNELRDSYNAVKPEYAVTHETEIKTLDEAKQFILSFVMLNDNVELPLKAQSERYPKKDRSREELGNTPSANPGIMKPNSPNFTDNLVPVRDVPKIAINEKVAGGYSKTKPTTPFVASLSGTTYSLMVVLTDYIEKHKTDKDIEKKVNQIINLWISSYIKEGYHSYSEVVDVLTEPFLQSIFDKANIKLNYGVLDDTHAEFRKAQDYVFGLTIQSAMHHELQERFKNKE

来源 Source

来源生物 organism	Legionella
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	445
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	8519.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	559.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	82

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	215.317 Å
晶胞边长 b length_b	55.152 Å
晶胞边长 c length_c	80.907 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.740 Å
最低分辨率 resolution_low	64.680 Å
R 因子 r_factor	0.1912
R_work r_work	0.1883
R_free r_free	0.2455

fit	/app/data/saxs_computation/k6/8k6e/8k6e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k6/8k6e/8k6e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k6/8k6e/8k6e.dat

LnaB-Actin-PRUb ternary complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)