SAXSdb — 8k87

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k87
沉积日期 deposition_date	2023-07-29
结构标题 title	Dimer structure of procaryotic Ago
关键词 keywords	Ago, DNA/RNA, DNA BINDING PROTEIN, CELL INVASION, DNA-RNA-CELL INVASION complex; DNA/RNA/CELL INVASION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.07 Å
零角强度 I(0) i0	630799000.00
分子量 molecular_weight	191250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	232620 Å³
包络体积 envelope_volume	317680 Å³
水化壳体积 shell_volume	60729 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.6 Å
壳层 Rg shell_rg	46.62 Å
包络 Rg envelope_rg	45.47 Å
形状 Rg shape_rg	45.04 Å
总 Rg total_rg	45.23 Å
总原子数 total_atoms	13372
残基数 n_residues	1540
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.8 Å
Rg (实空间) rg_real	45.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1410e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	630500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7990
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.532
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.384
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	219800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.697; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.750; Smooth: 0.543

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA (41-mer)
分子量 formula_weight	12525.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,H
原子数 atom_count	13372

CGAAACAACACAGCTCTAACCGACGTCTAAGAAACCATTAT

Entity 2 polymer

描述 description	RNA/DNA (21-mer)
分子量 formula_weight	6676.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	D,I

AUAAUGGUUUCUUAGACGUCG

Entity 3 polymer

描述 description	Piwi domain protein
分子量 formula_weight	53325.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F

MADNLSQLAAHSTIPEPLLLFKDNRTDTHPLRGLSQYGPYSACFNLPGQVRLAYLAPTEHMRKLDAIVRELQNPATPKEATNYYVEYGGFEKVFKVPLVMPQEHLRCLALDECHGVAANGNGLALADKIVQSMSGLFRQKHAFDVLLVYLPASWKKCFEYDGFDLHDRIKAKVAPLNLPIQIINDTALTRQCRANVMWGVSVALYAKAGGIPWKLADWDKDEAYIGLSYAIKKNAEGQEYTTCCSQVFDPDGTGFEFVAYDTREFITDRKGNPYLSYQEMQSVLSKSLHLYQSSHNGRMPRKIFIHKTTHFTEDEIQGAFDSFSSSTEIELVQIIQSTNWYGLKVDGKKGDKPVAPASYPVDRGLYQPLTESECLLWTQGSVMGVNQQNPGQPVFKEAALTPLPNPIMLRRFSGNGGWHATCSSILALTKVDWNNNTLYKKLPVTLVYSQVFADVVKQTPEIVNEIYDYRFFM

来源 Source

来源生物 organism	Geobacter sulfurreducens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	35554
宿主生物 host_organism	Expression vector pET-mod

Entity 4 polymer

描述 description	Sir2 superfamily protein
分子量 formula_weight	66645.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

MDVLTDNEFYQHYLQNSQHMMWFLGAGTSRSAGLPTASDIIWDLKHRYYCLHENQDYQKHDINNHAIKSKIQSYMDSKGFPLQWSPEEYSFYFELVFRDDYEAQRKYLLEALASRKVSLNIGHRVLAALLEMNQTKVVFTTNFDDVIETAFSDISGKHLSVYHLEGSYAALSALNTEAFPIYAKIHGDFRYQKIKNLTPDLQTNDREIHKCFLAAAIRFGLVVSGYSGRDENVMTMLRAAIDQNNAFPHGLYWTVPSISKSEPAVQDLITYAQGKGVRAYLVETGTFDEMLSKIWRQVKDKPAAIDAKVRTARVCPVSIPLPGPGKSFPALRTNALPVVTQSIRCGVVTLASPITFSELKERISQKSPKALLTYTEKVLFLGGEPEIRKIFSNDEINSIGQYYIDEIAQSVAASTFLKSFVEEAILTALLREKPILHRVRHRTHYAVIPNASAKDDRFLDLRKAVGFKGDLGYITGNVTNAKELSWAEAVSIRLEERGGKLWIMLKPEIWIKPLDRREEATDFIRSRRRYRFNQCSYQILDAWIKILFGSIGGGGTVNISCFPDAEFKAEFEIGTRTAFSLGVGYGR

来源 Source

来源生物 organism	Geobacter sulfurreducens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	35554
宿主生物 host_organism	Expression vector pET-mod

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1103892

fit	/app/data/saxs_computation/k8/8k87/8k87.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k8/8k87/8k87.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k8/8k87/8k87.dat

Dimer structure of procaryotic Ago

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)