8kdu

Crystal structure of trypsin with its substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 53.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8kdu
沉积日期 deposition_date	2023-08-10
结构标题 title	Crystal structure of trypsin with its substrate
关键词 keywords	HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.22 Å
零角强度 I(0) i0	11797200.00
分子量 molecular_weight	24571.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30299 Å³
包络体积 envelope_volume	33577 Å³
水化壳体积 shell_volume	16967 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.0 Å
壳层 Rg shell_rg	22.71 Å
包络 Rg envelope_rg	16.53 Å
形状 Rg shape_rg	16.18 Å
总 Rg total_rg	17.31 Å
总原子数 total_atoms	1709
残基数 n_residues	220
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.5 Å
Rg (实空间) rg_real	17.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8999
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.123
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.450
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3032000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.976

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	Cationic trypsin
分子量 formula_weight	23324.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1898

IVGGYTCGANTVPYQVSLNSGYHFCGGSLINSQWVVSAAHCYKSGIQVRLGEDNINVVEGNEQFISASKSIVHPSYNSNTLNNDIMLIKLKSAASLNSRVASISLPTSCASAGTQCLISGWGNTKSSGTSYPDVLKCLKAPILSDSSCKSAYPGQITSNMFCAGYLEGGKDSCQGDSGGPVVCSGKLQGIVSWGSGCAQKNKPGVYTKVCNYVSWIKQTIASN

Entity 2 non-polymer

描述 description	ethyl (2~{S})-2-benzamido-5-carbamimidamido-pentanoate
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	(2~{R})-2-benzamido-5-carbamimidamido-pentanoic acid
分子量 formula_weight	278.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ARGININE
分子量 formula_weight	175.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANIDINE
分子量 formula_weight	59.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	ETHANOL
分子量 formula_weight	46.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	189

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	131.116 Å
晶胞边长 b length_b	131.116 Å
晶胞边长 c length_c	71.424 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	16.830 Å
R 因子 r_factor	0.1483
R_work r_work	0.1456
R_free r_free	0.1978

fit	/app/data/saxs_computation/kd/8kdu/8kdu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kd/8kdu/8kdu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kd/8kdu/8kdu.dat