8kec

Cyanophage A-1(L) tail fiber

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 322.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8kec
沉积日期 deposition_date	2023-08-11
最后修订 last_revision	2024-04-10
结构标题 title	Cyanophage A-1(L) tail fiber
关键词 keywords	fiber, virus, viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	133.10 Å
零角强度 I(0) i0	21025200000.00
分子量 molecular_weight	1241800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1553400 Å³
包络体积 envelope_volume	4942100 Å³
水化壳体积 shell_volume	321060 Å³
包络直径 envelope_diameter	352.8 Å
壳层 Rg shell_rg	140.10 Å
包络 Rg envelope_rg	113.80 Å
形状 Rg shape_rg	133.10 Å
总 Rg total_rg	132.90 Å
总原子数 total_atoms	87756
残基数 n_residues	11838
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	322.7 Å
Rg (实空间) rg_real	132.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0220e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0440e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	150.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22360000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8560
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	215.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.378
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.678
角度范围 angular_range	— – 0.0600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.2920
最高正则化参数 α highest_alpha	5542000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	13
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 0.939; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.702; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Long tail fiber
分子量 formula_weight	39582.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R
原子数 atom_count	87756

MVRKVFNDGDILYAEDVNIIGQPFVDGQDLLGHGLKVDDNSLSDEPQNIKTRFYAWYNRFRVTVQSGLTLSVTQGSISVSGNIISFPPQTINAIDNANSFVWIGKTDADPAIALRVSQTLPNVCIPLARVIAASGSVTSVTDLRDVSVDILPPSIPDAVPVGSTIISLIPPTAPIPAGYLELLNSSQNVSRTTYSALFVLWGTYYGNGDGSTTFGVPGTGGRFLRLGGSGLSVGDIGGSNQITIPTNALPSHQHGIPANTHTHSVNDGGHGHTINQTPHSHSISDPGHAHGVPFGAAVDNGNNAFDTGGSPYNNGIGTTQNQTGISVNTANANLSINTSSTGISIQSASTGLTVTSNAGNGQAFQHDQPYLVFRVFVKV

Entity 2 polymer

描述 description	short tail fiber
分子量 formula_weight	49010.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n,i,j,k,l,m,o,p,q,r,a,b,c,d,e,f,g,h

MTNIVGRIGFLTTGKLGIKLRGVLIDESTTPNTTYLPGIESFFNITANVLTSVSYPETETQNVTATFSIYSVDGSSNPVFPALLSFDAIVPNVASVEFDVLAPTGVVNNQLDTSALRIAKIIANDPALAQKVAGAPYPRGAYSATETYLYGEMVSYFGKNYISKSLSPIINILPTVTDSWYELVITLPESVSVIATGSDTAYGTGWNGSLLVPTQNAVYDKIVTVDAAIATANTNITNLGTAKADLSYVNTQLSADQVVLDALSSGKADLSYVNTQLNSKANLNGAVLVNATTATPPISDNDTSLATTQHVRSFNHSRLAFNAFRGGQQGVPSLSYVTTTAQFNSSSVRSGWGDNFSSNRWLVGEGGTYLITVTTRFATVGGTPPTYFDALLFVGLSGSGVENFLTRSQSVYPSFGYTLSWVGILTFNTGQNVFLNYQVNAVGGGSYSVVLEDVRFSGIQLG

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	41062

fit	/app/data/saxs_computation/ke/8kec/8kec.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ke/8kec/8kec.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ke/8kec/8kec.dat

Cyanophage A-1(L) tail fiber

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)