8odn

RcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa Tight Adherence Secretion System

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 237.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8odn
沉积日期 deposition_date	2023-03-09
结构标题 title	RcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa Tight Adherence Secretion System
关键词 keywords	Secretin, Pilotin, RcpA, TadD, TAD, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.03 Å
零角强度 I(0) i0	5265200000.00
分子量 molecular_weight	605340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	755490 Å³
包络体积 envelope_volume	1273700 Å³
水化壳体积 shell_volume	154730 Å³
包络直径 envelope_diameter	197.7 Å
壳层 Rg shell_rg	75.39 Å
包络 Rg envelope_rg	62.87 Å
形状 Rg shape_rg	66.03 Å
总 Rg total_rg	66.21 Å
总原子数 total_atoms	85033
残基数 n_residues	5577
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	237.3 Å
Rg (实空间) rg_real	68.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2760e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8650e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	67.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5270000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8815
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	89.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.316
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.191
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.4846
最高正则化参数 α highest_alpha	1229000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 0.963; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.960

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	RcpA
分子量 formula_weight	45507.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,V,X,Z
原子数 atom_count	85033

MHRSTGIGVSRWLGGLLGVALALPALALPQGCIELLAQAPRVDVVQGQQRDLRLAVPIERLAIGDPKIADVQLLDRRGFLVTGKEQGSTSLLIWTGCSPEPLRSLVEVEGRGSVDTRGAPAFTVGAAEELPNQVQTDIRFVEVSRSKLKQASTSFVRRGGNLWVLGAPGSLGDIKVNADGSGLGGTFGTGSSGFNLIFGGGKWLSFMNALEGSGFAYTLARPSLVAMSGQSASFLAGGEFPIPVPNGTNDNVTIEYKEFGIRLTLTPTVMNNRRIALKVAPEVSELDYSAGIQSGGVAVPALRVRRTDTSVMLADGESFVISGLTSSNSVSNVDKFPWLGDIPILGAFFRSTKLDKDDRELLMIVTPHLVQPLAADAQLPDLPGEGLRHYDPGFSRLYFLERGEYDGQQNDTGLSDSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	TPR repeat-containing protein PA4299
分子量 formula_weight	27759.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,W,Y,a

MKALIGIGLCAALLGGCAALPGRDGPRECSQQLGQEQELQMNMVRDMIREGRLHAALANLESMPPGLLDVREERALILRRIGDPRARAEYQALLETCKAPEAHHGLGLLALRNGDSARAVLELREAARLRPTESRFRNDLGVALLKRGDRVGARFEFITALELQQGGKLPATNLLGLLYLQGDREDAQRLIERLQLDARDIRAAEARARSWGAVPTPGAAPASDDPLAELPAEANMHTAMANEAPGSDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	119534

fit	/app/data/saxs_computation/od/8odn/8odn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/od/8odn/8odn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/od/8odn/8odn.dat

RcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa Tight Adherence Secretion System

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)