8odp

Structure of human RTCB with GMPCPP in complex with Archease

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 166.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8odp
沉积日期 deposition_date	2023-03-09
结构标题 title	Structure of human RTCB with GMPCPP in complex with Archease
关键词 keywords	archease, RTCB, human, ligase, tRNA, GMPCPP; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.66 Å
零角强度 I(0) i0	1368240000.00
分子量 molecular_weight	301420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	374080 Å³
包络体积 envelope_volume	475370 Å³
水化壳体积 shell_volume	80094 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.3 Å
壳层 Rg shell_rg	52.98 Å
包络 Rg envelope_rg	48.76 Å
形状 Rg shape_rg	49.65 Å
总 Rg total_rg	49.78 Å
总原子数 total_atoms	21173
残基数 n_residues	2689
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.7 Å
Rg (实空间) rg_real	49.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1368000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6505
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.483
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	313400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.087; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.676

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	RNA-splicing ligase RtcB homolog
分子量 formula_weight	55412.3 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	21470

GAMSRSYNDELQFLEKINKNCWRIKKGFVPNMQVEGVFYVNDALEKLMFEELRNACRGGGVGGFLPAMKQIGNVAALPGIVHRSIGLPDVHSGYGFAIGNMAAFDMNDPEAVVSPGGVGFDINCGVRLLRTNLDESDVQPVKEQLAQAMFDHIPVGVGSKGVIPMNAKDLEEALEMGVDWSLREGYAWAEDKEHCEEYGRMLQADPNKVSARAKKRGLPQLGTLGAGNHYAEIQVVDEIFNEYAAKKMGIDHKGQVCVMIHSGSRGLGHQVATDALVAMEKAMKRDKIIVNDRQLACARIASPEGQDYLKGMAAAGNYAWVNRSSMTFLTRQAFAKVFNTTPDDLDLHVIYDVSHNIAKVEQHVVDGKERTLLVHRKGSTRAFPPHHPLIAVDYQLTGQPVLIGGTMGTCSYVLTGTEQGMTETFGTTCHGAGRALSRAKSRRNLDFQDVLDKLADMGIAIRVASPKLVMEEAPESYKNVTDVVNTCHDAGISKKAIKLRPIAVIKG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Protein archease
分子量 formula_weight	21108.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GSHMMKGGSRVSNPAVMAQEEEDVRDYNLTEEQKAIKAKYPPVNRKYEYLDHTADVQLHAWGDTLEEAFEQCAMAMFGYMTDTGTVEPLQTVEVETQGDDLQSLLFHFLDEWLYKFSADEFFIPREVKVLSIDQRNFKLRSIGWGEEFSLSKHPQGTEVKAITYSAMQVYNEENPEVFVIIDI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	521.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	297

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.433 Å
晶胞边长 b length_b	122.597 Å
晶胞边长 c length_c	124.759 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	51.290 Å
R 因子 r_factor	0.1825
R_work r_work	0.1807
R_free r_free	0.2158

fit	/app/data/saxs_computation/od/8odp/8odp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/od/8odp/8odp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/od/8odp/8odp.dat

Structure of human RTCB with GMPCPP in complex with Archease

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)