8oeq

Crystal structure of the Candida albicans 80S ribosome in complex with Paromomycin (250uM)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 432.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8oeq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8oeq
下载 Download

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8oeq
沉积日期 deposition_date2023-03-12
结构标题 titleCrystal structure of the Candida albicans 80S ribosome in complex with Paromomycin (250uM)
关键词 keywordsCandida albicans, ribosome, paromomycin; RIBOSOME
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron153.50
零角强度 I(0) i0999166000000.00
分子量 molecular_weight5984900.0 kDa
排除体积 excluded_volume6427800 ų
包络体积 envelope_volume11703000 ų
水化壳体积 shell_volume612530 ų
包络直径 envelope_diameter516.9
壳层 Rg shell_rg134.40
包络 Rg envelope_rg153.20
形状 Rg shape_rg153.70
总 Rg total_rg153.10
总原子数 total_atoms405372
残基数 n_residues33241
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax432.0
Rg (实空间) rg_real145.30
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.21
I(0) (实空间) i0_real9.6070e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3960e+10
Rg (倒空间) rg_reciprocal124.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal901100000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8907
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary129.6
偏度 Skewness skewness0.386
峰度 Kurtosis kurtosis-0.725
角度范围 angular_range— – 0.0500 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.5330
最高正则化参数 α highest_alpha12320000000.0000
实空间数据点数 n_real_points11
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.013; Oscil: 0.951; Stabil: 0.964; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.835; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (85)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)