8ogi

Structure of native human eosinophil peroxidase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ogi
沉积日期 deposition_date	2023-03-20
结构标题 title	Structure of native human eosinophil peroxidase
关键词 keywords	hydrogen peroxide-dependent heme peroxidase immune system eosinophiles, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.33 Å
零角强度 I(0) i0	79408100.00
分子量 molecular_weight	68364.0 kDa
排除体积 excluded_volume	85048 Å³
包络体积 envelope_volume	97001 Å³
水化壳体积 shell_volume	32850 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.9 Å
壳层 Rg shell_rg	32.08 Å
包络 Rg envelope_rg	23.75 Å
形状 Rg shape_rg	23.30 Å
总 Rg total_rg	24.28 Å
总原子数 total_atoms	9588
残基数 n_residues	569
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	79410000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8961
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.167
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.397
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.989

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Eosinophil peroxidase light chain
分子量 formula_weight	12025.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10322

RCSDKYRTITGRCNNKRRPLLGASNQALARWLPAEYEDGLSLPFGWTPSRRRNGFLLPLVRAVSNQIVRFPNERLTSDRGRALMFMQWGQFIDHDLDFSPESPA

Entity 2 polymer

描述 description	Eosinophil peroxidase heavy chain
分子量 formula_weight	53501.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VDCERTCAQLPPCFPIKIPPNDPRIKNQRDCIPFFRSAPSCPQNKNRVRNQINALTSFVDASMVYGSEVSLSLRLRNRTNYLGLLAINQRFQDNGRALLPFDNLHDDPCLLTNRSARIPCFLAGDTRSTETPKLAAMHTLFMREHNRLATELRRLNPRWNGDKLYNEARKIMGAMVQIITYRDFLPLVLGKARARRTLGHYRGYCSNVDPRVANVFTLAFRFGHTMLQPFMFRLDSQYRASAPNSHVPLSSAFFASWRIVYEGGIDPILRGLMATPAKLNRQDAMLVDELRDRLFRQVRRIGLDLAALNMQRSRDHGLPGYNAWRRFCGLSQPRNLAQLSRVLKNQDLARKFLNLYGTPDNIDIWIGAIAEPLLPGARVGPLLACLFENQFRRARDGDRFWWQKRGVFTKRQRKALSRISLSRIICDNTGITTVSRDIFRANIYPRGFVNCSRIPRLNLSAWRGT

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	HEME B/C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 11 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	472

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.123 Å
晶胞边长 b length_b	85.562 Å
晶胞边长 c length_c	139.395 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.547 Å
最低分辨率 resolution_low	22.570 Å
R 因子 r_factor	0.1746
R_work r_work	0.1740
R_free r_free	0.1854

fit	/app/data/saxs_computation/og/8ogi/8ogi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/og/8ogi/8ogi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/og/8ogi/8ogi.dat

Structure of native human eosinophil peroxidase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)