SAXSdb — 8oiw

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8oiw
沉积日期 deposition_date	2023-03-23
结构标题 title	;Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under oxidising conditions (space group P 21 21 21) ;
关键词 keywords	COFACTOR-FREE OXIDASE, INHIBITOR, DIOXYGEN BINDING, CYSTEINE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.88 Å
零角强度 I(0) i0	312717000.00
分子量 molecular_weight	139280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	173570 Å³
包络体积 envelope_volume	216130 Å³
水化壳体积 shell_volume	54892 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.51 Å
包络 Rg envelope_rg	30.27 Å
形状 Rg shape_rg	30.85 Å
总 Rg total_rg	31.79 Å
总原子数 total_atoms	9738
残基数 n_residues	1183
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	312800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9086
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.095
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.571
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	77560000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.951

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Uricase
分子量 formula_weight	39189.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.3.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA
原子数 atom_count	10503

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMSQVTIKDIEVLNCEYGKNTIKFLRLHREGKKHFVKEVEVCTHLRLTSAHEYLDGNNSFVIPTDTIKNIVLVLAKKNGISSIEQFAIDICKHFMTTFCQVAYVKTYIQEVPWQRQYQNGVPHIHSFILVPDGIRFCEAEQCRNGPLVVCAGIKDLKLMKTTQSGFEGFYRNEHTTLPERNDRILCGEFFCKWSYGECRDFDFDCIWSKVRECILEAFSGPPDCGEYSPSYQRTVNCIQMCVLSRVPQVQVIEVILNNNFYNVVDMKALGCTNDKEVLVPVETPYGSCACTLGRKKYLEAQSHMIKDEKQSQFGLVAAQGK

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Uricase
分子量 formula_weight	39205.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.3.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BBB,CCC,DDD

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMSQVTIKDIEVLNCEYGKNTIKFLRLHREGKKHFVKEVEVCTHLRLTSAHEYLDGNNSFVIPTDTIKNIVLVLAKKNGISSIEQFAIDICKHFMTTFCQVAYVKTYIQEVPWQRQYQNGVPHIHSFILVPDGIRFCEAEQCRNGPLVVCAGIKDLKLMKTTQSGFEGFYRNEHTTLPERNDRILCGEFFCKWSYGECRDFDFDCIWSKVRECILEAFSGPPDCGEYSPSYQRTVNCIQMCVLSRVPQVQVIEVILNNNFYNVVDMKALGCTNDKEVLVPVETPYGSCACTLGRKKYLEAQSHMIKDEKQSQFGLVAAQGK

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	8-AZAXANTHINE
分子量 formula_weight	153.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	597

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.775 Å
晶胞边长 b length_b	124.859 Å
晶胞边长 c length_c	128.265 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.890 Å
最低分辨率 resolution_low	78.888 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1881
R_free r_free	0.2145

fit	/app/data/saxs_computation/oi/8oiw/8oiw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oi/8oiw/8oiw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oi/8oiw/8oiw.dat

;Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under oxidising conditions (space group P 21 21 21) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)