8oj3

Crystal structure of the Candida albicans 80S ribosome in complex with geneticin G418 (rotated state)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 429.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8oj3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8oj3
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8oj3
沉积日期 deposition_date2023-03-23
结构标题 titleCrystal structure of the Candida albicans 80S ribosome in complex with geneticin G418 (rotated state)
关键词 keywordsCandida albicans, ribosome, geneticin, G418, Mefloquine, PTC read-through; RIBOSOME
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron152.60
零角强度 I(0) i0973895000000.00
分子量 molecular_weight5903800.0 kDa
排除体积 excluded_volume6338600 ų
包络体积 envelope_volume11510000 ų
水化壳体积 shell_volume605710 ų
包络直径 envelope_diameter514.2
壳层 Rg shell_rg132.20
包络 Rg envelope_rg152.90
形状 Rg shape_rg152.80
总 Rg total_rg152.20
总原子数 total_atoms400037
残基数 n_residues32813
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax429.2
Rg (实空间) rg_real144.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.97
I(0) (实空间) i0_real9.3690e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3120e+10
Rg (倒空间) rg_reciprocal123.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal881200000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8927
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary128.8
偏度 Skewness skewness0.389
峰度 Kurtosis kurtosis-0.717
角度范围 angular_range— – 0.0500 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.5050
最高正则化参数 α highest_alpha11760000000.0000
实空间数据点数 n_real_points11
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.013; Oscil: 0.954; Stabil: 0.967; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.844; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (86)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)