8oj8

60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 1 (native)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 204.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8oj8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8oj8
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8oj8
沉积日期 deposition_date2023-03-24
结构标题 title60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 1 (native)
关键词 keywordsER, UFMylation, recycling, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier79.42
回转半径 Rg (电子) rg_electron80.59
零角强度 I(0) i0129415000000.00
分子量 molecular_weight2135700.0 kDa
排除体积 excluded_volume2287900 ų
包络体积 envelope_volume3717200 ų
水化壳体积 shell_volume345850 ų
包络直径 envelope_diameter279.1
壳层 Rg shell_rg96.83
包络 Rg envelope_rg80.72
形状 Rg shape_rg80.65
总 Rg total_rg80.52
总原子数 total_atoms144617
残基数 n_residues11643
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax204.2
Rg (实空间) rg_real77.21
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28
I(0) (实空间) i0_real1.2430e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0950e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal80.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal129800000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9166
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary91.9
偏度 Skewness skewness0.128
峰度 Kurtosis kurtosis-0.560
角度范围 angular_range— – 0.1000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.4719
最高正则化参数 α highest_alpha13070000000.0000
实空间数据点数 n_real_points21
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.993; Stabil: 0.982; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (52)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)