8ok4

Variant Surface Glycoprotein VSG11wt-Oil

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.9 Å Quality: SUSPICIOUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ok4
沉积日期 deposition_date	2023-03-27
结构标题 title	Variant Surface Glycoprotein VSG11wt-Oil
关键词 keywords	Variant surface glycoprotein Suramin Trypanosomiasis Drug resistance Glycosylation, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.73 Å
零角强度 I(0) i0	28840900.00
分子量 molecular_weight	40335.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49890 Å³
包络体积 envelope_volume	67272 Å³
水化壳体积 shell_volume	19892 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.1 Å
壳层 Rg shell_rg	34.68 Å
包络 Rg envelope_rg	31.38 Å
形状 Rg shape_rg	31.73 Å
总 Rg total_rg	32.03 Å
总原子数 total_atoms	5600
残基数 n_residues	365
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.9 Å
Rg (实空间) rg_real	32.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4798
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.436
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.955
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3314000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.334; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.204; Smooth: 0.840

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Variant surface glycoprotein
分子量 formula_weight	45175.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6149

NIGTGDNVLHRAALCGIIELAGKRAKLETALPNFQNELNSILELNMTAAEPTWLDQFRDKDDRSKPRDLTKQPLPKDTNWADHWTAWAKAALPLLNDETHQAKLKEYKLAGLQPEKLERARNTIRRLTAEAVAKAQDPTVAESTADLTTEEDLQKQINQAVYSKDTEPDDDFNGYTAFEGKASTNRQTICGSAVAGSKATNAMDALFCVCADDRTNGADAGKACVAGTAPGTGWNPGVTATPTGTMLQKVRKLCNTHGKTTLSAAAIEGRLTAVGNLLTRGSATSILGSFLATDCSGDQGSGMCVAYTEVTDAKGTPTKDIPWMQKLDSVRIKLQKHERAVEKLGKPQHDLKTILTLAKDPAYLQLASVGTRHLETTKQRVSNEQGKTQQTQQTCEQYNNKKNDCVKTGVCKWEE

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei brucei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5702
宿主生物 host_organism	Trypanosoma brucei brucei

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	412

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.862 Å
晶胞边长 b length_b	74.862 Å
晶胞边长 c length_c	105.611 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.230 Å
最低分辨率 resolution_low	40.940 Å
R 因子 r_factor	0.1631
R_work r_work	0.1618
R_free r_free	0.1884

fit	/app/data/saxs_computation/ok/8ok4/8ok4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ok/8ok4/8ok4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ok/8ok4/8ok4.dat

Variant Surface Glycoprotein VSG11wt-Oil

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction