SAXSdb — 8olc

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8olc
沉积日期 deposition_date	2023-03-30
结构标题 title	SA11 Rotavirus Trypsinized Triple Layered Particle
关键词 keywords	Rotavirus, dsRNA virus, virus; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	77.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	77.70 Å
零角强度 I(0) i0	18602300000.00
分子量 molecular_weight	1168700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1463600 Å³
包络体积 envelope_volume	2275000 Å³
水化壳体积 shell_volume	231150 Å³
包络直径 envelope_diameter	261.8 Å
壳层 Rg shell_rg	86.34 Å
包络 Rg envelope_rg	75.58 Å
形状 Rg shape_rg	77.67 Å
总 Rg total_rg	77.89 Å
总原子数 total_atoms	82143
残基数 n_residues	10266
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	278.6 Å
Rg (实空间) rg_real	81.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8610e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4120e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	78.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18650000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9055
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	111.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.403
峰度 Kurtosis kurtosis	0.128
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0420
最高正则化参数 α highest_alpha	1622000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.790; Stabil: 0.884; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.798

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer capsid glycoprotein VP7
分子量 formula_weight	37222.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o
原子数 atom_count	82143

MYGIEYTTVLTFLISIILLNYILKSLTRIMDFIIYRFLFIIVILSPFLRAQNYGINLPITGSMDTAYANSTQEETFLTSTLCLYYPTEAATEINDNSWKDTLSQLFLTKGWPTGSVYFKEYTNIASFSVDPQLYCDYNVVLMKYDATLQLDMSELADLILNEWLCNPMDITLYYYQQTDEANKWISMGSSCTIKVCPLNTQTLGIGCLTTDATTFEEVATAEKLVITDVVDGVNHKLDVTTATCTIRNCKKLGPRENVAVIQVGGSDILDITADPTTAPQTERMMRINWKKWWQVFYTVVDYVDQIIQVMSKRSRSLNSAAFYYRV

来源 Source

来源生物 organism	Rotavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10912
宿主生物 host_organism	Chlorocebus aethiops

Entity 2 polymer

描述 description	Intermediate capsid protein VP6
分子量 formula_weight	44910.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O

MDVLYSLSKTLKDARDKIVEGTLYSNVSDLIQQFNQMIITMNGNEFQTGGIGNLPIRNWNFNFGLLGTTLLNLDANYVETARNTIDYFVDFVDNVCMDEMVRESQRNGIAPQSDSLRKLSAIKFKRINFDNSSEYIENWNLQNRRQRTGFTFHKPNIFPYSASFTLNRSQPAHDNLMGTMWLNAGSEIQVAGFDYSCAINAPANIQQFEHIVPLRRVLTTATITLLPDAERFSFPRVINSADGATTWFFNPVILRPNNVEVEFLLNGQIINTYQARFGTIVARNFDTIRLSFQLMRPPNMTPAVAVLFPNAQPFEHHATVGLTLRIESAVCESVLADASETLLANVTSVRQEYAIPVGPVFPPGMNWTDLITNYSPSREDNLQRVFTVASIRSMLIK

来源 Source

来源生物 organism	Rotavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10912
宿主生物 host_organism	Chlorocebus aethiops

Entity 3 polymer

描述 description	Inner capsid protein VP2
分子量 formula_weight	102853.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MAYRKRGARRETNLKQDERMQEKEDSKNINNDSPKSQLSEKVLSKKEEIITDNQEEVKISDEVKKSNKEESKQLLEVLKTKEEHQKEVQYEILQKTIPTFEPKESILKKLEDIKPEQAKKQTKLFRIFEPKQLPIYRANGERELRNRWYWKLKRDTLPDGDYDVREYFLNLYDQVLMEMPDYLLLKDMAVENKNSRDAGKVVDSETAAICDAIFQDEETEGAVRRFIAEMRQRVQADRNVVNYPSILHPIDHAFNEYFLQHQLVEPLNNDIIFNYIPERIRNDVNYILNMDRNLPSTARYIRPNLLQDRLNLHDNFESLWDTITTSNYILARSVVPDLKELVSTEAQIQKMSQDLQLEALTIQSETQFLTGINSQAANDCFKTLIAAMLSQRTMSLDFVTTNYMSLISGMWLLTVIPNDMFIRESLVACQLAIINTIVYPAFGMQRMHYRNGDPQTPFQIAEQQIQNFQVANWLHFVNYNQFRQVVIDGVLNQVLNDNIRNGHVVNQLMEALMQLSRQQFPTMPVDYKRSIQRGILLLSNRLGQLVDLTRLLSYNYETLMACITMNMQHVQTLTTEKLQLTSVTSLCMLIGNATVIPSPQTLFHYYNVNVNFHSNYNERINDAVAIITAANRLNLYQKKMKSIVEDFLKRLQIFDVARVPDDQMYRLRDRLRLLPVEIRRLDIFNLIAMNMEQIERASDKIAQGVIIAYRDMQLERDEMYGYVNIARNLDGFQQINLEELMRSGDYAQITNMLLNNQPVALVGALPFITDSSVISLIAKLDATVFAQIVKLRKVDTLKPILYKINSDSNDFYLVANYDWIPTSTTKVYKQVPQQFDFRASMHMLTSNLTFTVYSDLLAFVSADTVEPINAVAFDNMRIMNEL

来源 Source

来源生物 organism	Rotavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10912
宿主生物 host_organism	Chlorocebus aethiops

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.48 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	22394

fit	/app/data/saxs_computation/ol/8olc/8olc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ol/8olc/8olc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ol/8olc/8olc.dat

SA11 Rotavirus Trypsinized Triple Layered Particle

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)