8olv

Structure of Oceanobacillus iheyensis group II intron in the presence of K+, Mg2+ and ARN25850

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 119.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8olv
沉积日期 deposition_date	2023-03-30
结构标题 title	Structure of Oceanobacillus iheyensis group II intron in the presence of K+, Mg2+ and ARN25850
关键词 keywords	RIBOZYME, METALLOENZYME, SELF-SPLICING, RETROTRANSPOSITION, RNA; RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.27 Å
零角强度 I(0) i0	758347000.00
分子量 molecular_weight	130290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	122370 Å³
包络体积 envelope_volume	206290 Å³
水化壳体积 shell_volume	48515 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.9 Å
壳层 Rg shell_rg	41.46 Å
包络 Rg envelope_rg	35.81 Å
形状 Rg shape_rg	36.22 Å
总 Rg total_rg	36.55 Å
总原子数 total_atoms	8553
残基数 n_residues	394
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.3 Å
Rg (实空间) rg_real	36.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2970e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	758400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8921
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.295
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.437
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.890

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Group IIC intron
分子量 formula_weight	127991.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8564

GGGGUGUGCCCGGCAUGGGUGCAGUCUAUAGGGUGAGAGUCCCGAACUGUGAAGGCAGAAGUAACAGUUAGCCUAACGCAAGGGUGUCCGUGGCGACAUGGAAUCUGAAGGAAGCGGACGGCAAACCUUCGGUCUGAGGAACACGAACUUCAUAUGAGGCUAGGUAUCAAUGGAUGAGUUUGCAUAACAAAACAAAGUCCUUUCUGCCAAAGUUGGUACAGAGUAAAUGAAGCAGAUUGAUGAAGGGAAAGACUGCAUUCUUACCCGGGGAGGUCUGGAAACAGAAGUCAGCAGAAGUCAUAGUACCCUGUUCGCAGGGGAAGGACGGAACAAGUAUGGCGUUCGCGCCUAAGCUUGAACCGCCGUAUACCGAACGGUACGUACGGUGGUGUGG

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 4 non-polymer

描述 description	SPERMINE
分子量 formula_weight	202.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-[2,6-bis(bromanyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)phenyl]carbonyl-~{N}-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)-1-benzofuran-5-carboxamide
分子量 formula_weight	568.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.012 Å
晶胞边长 b length_b	94.722 Å
晶胞边长 c length_c	225.042 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	48.420 Å
R 因子 r_factor	0.1978
R_work r_work	0.1957
R_free r_free	0.2374

fit	/app/data/saxs_computation/ol/8olv/8olv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ol/8olv/8olv.pr.out
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