8olz

;Structure of Oceanobacillus iheyensis group II intron in the presence of K+, Mg2+, 5'-exon, and intronistat B after 2h30 soaking ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 118.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8olz
沉积日期 deposition_date	2023-03-30
结构标题 title	;Structure of Oceanobacillus iheyensis group II intron in the presence of K+, Mg2+, 5'-exon, and intronistat B after 2h30 soaking ;
关键词 keywords	RIBOZYME, METALLOENZYME, SELF-SPLICING, RETROTRANSPOSITION, RNA; RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.07 Å
零角强度 I(0) i0	759032000.00
分子量 molecular_weight	130360.0 kDa
排除体积 excluded_volume	122420 Å³
包络体积 envelope_volume	203420 Å³
水化壳体积 shell_volume	47970 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.3 Å
壳层 Rg shell_rg	41.34 Å
包络 Rg envelope_rg	35.73 Å
形状 Rg shape_rg	36.02 Å
总 Rg total_rg	36.34 Å
总原子数 total_atoms	8559
残基数 n_residues	395
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	759000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8942
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.295
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.440
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.906

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	DOMAINS 1-5
分子量 formula_weight	126956.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8574

GUGUGCCCGGCAUGGGUGCAGUCUAUAGGGUGAGAGUCCCGAACUGUGAAGGCAGAAGUAACAGUUAGCCUAACGCAAGGGUGUCCGUGGCGACAUGGAAUCUGAAGGAAGCGGACGGCAAACCUUCGGUCUGAGGAACACGAACUUCAUAUGAGGCUAGGUAUCAAUGGAUGAGUUUGCAUAACAAAACAAAGUCCUUUCUGCCAAAGUUGGUACAGAGUAAAUGAAGCAGAUUGAUGAAGGGAAAGACUGCAUUCUUACCCGGGGAGGUCUGGAAACAGAAGUCAGCAGAAGUCAUAGUACCCUGUUCGCAGGGGAAGGACGGAACAAGUAUGGCGUUCGCGCCUAAGCUUGAACCGCCGUAUACCGAACGGUACGUACGGUGGUGUGG

Entity 2 polymer

描述 description	5'-exon
分子量 formula_weight	1838.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AUUUAU

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

Entity 5 non-polymer

描述 description	SPERMINE
分子量 formula_weight	202.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	~{N}-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)-2-[3,4,5-tris(oxidanyl)phenyl]carbonyl-1-benzofuran-5-carboxamide
分子量 formula_weight	410.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.672 Å
晶胞边长 b length_b	93.968 Å
晶胞边长 c length_c	223.433 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.310 Å
最低分辨率 resolution_low	39.840 Å
R 因子 r_factor	0.1958
R_work r_work	0.1919
R_free r_free	0.2732

fit	/app/data/saxs_computation/ol/8olz/8olz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ol/8olz/8olz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ol/8olz/8olz.dat

;Structure of Oceanobacillus iheyensis group II intron in the presence of K+, Mg2+, 5'-exon, and intronistat B after 2h30 soaking ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)