SAXSdb — 8oni

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8oni
沉积日期 deposition_date	2023-04-03
结构标题 title	Human insulin in complex with the analytical antibody S1 Fab
关键词 keywords	insulin, analytical antibody, S1, HORMONE; HORMONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.46 Å
零角强度 I(0) i0	178901000.00
分子量 molecular_weight	104670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129980 Å³
包络体积 envelope_volume	172460 Å³
水化壳体积 shell_volume	43895 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.6 Å
壳层 Rg shell_rg	39.38 Å
包络 Rg envelope_rg	32.80 Å
形状 Rg shape_rg	33.44 Å
总 Rg total_rg	33.98 Å
总原子数 total_atoms	14429
残基数 n_residues	947
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.2 Å
Rg (实空间) rg_real	34.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	178900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8829
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.348
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.199
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.869; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.879

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Heavy chain of analytical antibody S1 Fab
分子量 formula_weight	24219.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,C
原子数 atom_count	15069

EVRLQQSGPELVKPGASLKISCKASGYTFTDYNIHWLRQSHSKSLEWIGSIYPYNGRPGYNQKFKNKTTLTVDNSSSTAYMELRGLTSDDSAVYFCARSRSYYNGSRDYWGQGTSLTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Light chain of analytical antibody S1 Fab
分子量 formula_weight	23360.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,D

QIVLTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVNYMYWYQQKPGSSPRLLIYDTSNLASGVPVRFSGSGSGTSFSLTISRMEAEDAATYFCQQWSSYPLTFGAGTNLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Insulin A chain
分子量 formula_weight	2383.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,A

GIVEQCCTSICSLYQLENYCN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 4 polymer

描述 description	Insulin B chain
分子量 formula_weight	3434.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	625

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.307 Å
晶胞边长 b length_b	71.896 Å
晶胞边长 c length_c	99.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	41.620 Å
R 因子 r_factor	0.1995
R_work r_work	0.1974
R_free r_free	0.2375

fit	/app/data/saxs_computation/on/8oni/8oni.fit
pddf	/app/data/pr_computation/on/8oni/8oni.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/on/8oni/8oni.dat

Human insulin in complex with the analytical antibody S1 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)