8oo1

Wide inward-open liganded UraA in complex with a conformation-selective synthetic nanobody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 101.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8oo1
沉积日期 deposition_date	2023-04-04
结构标题 title	Wide inward-open liganded UraA in complex with a conformation-selective synthetic nanobody
关键词 keywords	SLC23, Uracil transporter, UraA, MEMBRANE PROTEIN, sybody, nanobody; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.97 Å
零角强度 I(0) i0	167602000.00
分子量 molecular_weight	115690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	150160 Å³
包络体积 envelope_volume	183350 Å³
水化壳体积 shell_volume	46959 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.3 Å
壳层 Rg shell_rg	39.78 Å
包络 Rg envelope_rg	31.58 Å
形状 Rg shape_rg	31.99 Å
总 Rg total_rg	32.59 Å
总原子数 total_atoms	8154
残基数 n_residues	1068
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	167600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9121
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.120
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.635
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Uracil permease
分子量 formula_weight	46017.9 kDa
突变 mutation	G320P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8154

MSTRRAIGVSERPPLLQTIPLSLQHLFAMFGATVLVPVLFHINPATVLLFNGIGTLLYLFICKGKIPAYLGSSFAFISPVLLLLPLGYEVALGGFIMCGVLFCLVSFIVKKAGTGWLDVLFPPAAMGAIVAVIGLELAGVAAGMAGLLPAEGQTPDSKTIIISITTLAVTVLGSVLFRGFLAIIPILIGVLVGYALSFAMGIVDTTPIINAHWFALPTLYTPRFEWFAILTILPAALVVIAEHVGHLVVTANIVKKDLLRDPGLHRSMFANGLSTVISGFFGSTPNTTYGENIGVMAITRVYSTWVIGGAAIFAILLSCVPKLAAAIQMIPLPVMGGVSLLLYGVIGASGIRVLIESKVDYNKAQNLILTSVILIIGVSGAKVNIGAAELKGMALATIVGIGLSLIFKLISVLRPEEVVLDAEDADITDKALEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O157:H7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli MC1061

Entity 2 polymer

描述 description	Sy45
分子量 formula_weight	16668.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSSSQVQLVESGGGSVQAGGSLRLSCAASGNIAYIHYLGWFRQAPGKEREGVAALSTTLGNTYYADSVKGRFTVSLDNAKNTVYLQMNSLKPEDTALYYCAAAYFGYSSPLAHERYMYWGQGTQVTVSAGRAGEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli MC1061

Entity 3 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	nonyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	URACIL
分子量 formula_weight	112.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE
分子量 formula_weight	482.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.250 Å
晶胞边长 b length_b	116.820 Å
晶胞边长 c length_c	94.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.700 Å
最低分辨率 resolution_low	49.420 Å
R 因子 r_factor	0.2724
R_work r_work	0.2711
R_free r_free	0.2944

fit	/app/data/saxs_computation/oo/8oo1/8oo1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oo/8oo1/8oo1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oo/8oo1/8oo1.dat

Wide inward-open liganded UraA in complex with a conformation-selective synthetic nanobody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)