8oo5

Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 13

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8oo5
沉积日期 deposition_date	2023-04-04
结构标题 title	Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 13
关键词 keywords	DCAF1, Ligase, Compound, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.64 Å
零角强度 I(0) i0	21085300.00
分子量 molecular_weight	34920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43573 Å³
包络体积 envelope_volume	49608 Å³
水化壳体积 shell_volume	21565 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.59 Å
包络 Rg envelope_rg	18.82 Å
形状 Rg shape_rg	18.64 Å
总 Rg total_rg	19.55 Å
总原子数 total_atoms	2455
残基数 n_residues	300
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.9 Å
Rg (实空间) rg_real	19.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9011
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.108
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.466
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6217000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.980

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	DDB1- and CUL4-associated factor 1
分子量 formula_weight	36062.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	Q1250L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P
原子数 atom_count	2548

GGGRFRPISVFREANEDESGFTCCAFSARERFLMLGTCTGQLKLYNVFSGQEEASYNCHNSAITHLEPSRDGSLLLTSATWSQPLSALWGMKSVFDMKHSFTEDHYVEFSKHSQDRVIGTKGDIAHIYDIQTGNKLLTLFNPDLANNYKRNCATFNPTDDLVLNDGVLWDVRSALAIHKFDKFNMNISGVFHPNGLEVIINTEIWDLRTFHLLHTVPALDQCRVVFNHTGTVMYGAMLQADDEDDLMEERMKSPFGSSFRTFNATDYKPIATIDVKRNIFDLCTDTKDCYLAVIENQGSMDALNMDTVCRLYEVGRQR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	1-[4-[4-(2-azanylethylamino)-2-[1-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]quinazolin-7-yl]piperazin-1-yl]ethanone
分子量 formula_weight	507.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	77

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8oo5P01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.577 Å
晶胞边长 b length_b	81.577 Å
晶胞边长 c length_c	234.132 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	52.430 Å
R 因子 r_factor	0.1826
R_work r_work	0.1805
R_free r_free	0.2202

fit	/app/data/saxs_computation/oo/8oo5/8oo5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oo/8oo5/8oo5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oo/8oo5/8oo5.dat