SAXSdb — 8oo9

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8oo9
沉积日期 deposition_date	2023-04-04
结构标题 title	CryoEM Structure INO80core Hexasome complex ATPase-DNA refinement state1
关键词 keywords	ATP-dependent chromatin remodeler, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.35 Å
零角强度 I(0) i0	87297500.00
分子量 molecular_weight	65101.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78022 Å³
包络体积 envelope_volume	96756 Å³
水化壳体积 shell_volume	32250 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.3 Å
壳层 Rg shell_rg	32.49 Å
包络 Rg envelope_rg	24.58 Å
形状 Rg shape_rg	24.32 Å
总 Rg total_rg	25.21 Å
总原子数 total_atoms	4516
残基数 n_residues	481
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	87300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9083
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.137
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.479
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.973

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Chromatin-remodeling ATPase INO80
分子量 formula_weight	130887.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	4516

LELKFQSKGYNQIYDQIWRDLARKDVSKVFRLATDSYATKASNLKKTAILASKEAKRWQLRTNKGTKDLQARAKRVMRDMMGFWKRNEREERDLRKAAERLELENARKEEADREAARQRRKLNFLISQTELYSHFISKKIKTHEVERSTDHPDVATDEKDKIPEPTLNINVPEPTGPIAPKVTDFNSLDFDNEDESALQAAAMANAQNAIAEAQKKAREFNKDETKLDEDGEMNFQHPELTEFEVAQPKLLNCQLKEYQLKGLNWLVNLYEQGINGILADEMGLGKTVQSISVMAYLAERYDIWGPFLVVAPASTLHNWQQEVSKFVPDFKVLPYWGTAADRKVLRKFWDRKHTTYKKDSPFHVMITSYQLVVSDVAYFQKMKWQYMILDEAQAIKSSQSSRWKCLLGFHCRNRLLLTGTPIQNNMQELWALLHFIMPSLFDSHDEFSEWFSKDIESHAQSNTKLNEDQLKRLHMILKPFMLRRVKKHVQKELGDKIEIDVFCELSYRQRAMYQSLRNQISIMDLIEKATVGDNEDSATLMNLVMQFRKVCNHPDLFERADTSSPFFCGHFAETGSFLREGTNVALGYSTRSLVEYRLPRLIWCDGGRLDKPGPGNLVAGFRSKYLNHMMNIWTPENIRSSLEGIENFTWLRFVDTSLQEAYRASHTDVFARAVDLASKQNRLGHMQIVYDEPEDKKWTPVHALFQICERENPKAVAEITTEGVLRDLMNIARVKYRELGLCRLEKAARPRASAPPIEVVCDSRSAVIERENIMFHPAMRKALFGPTPSEIKEASFGPRPVTLYPPRALLPAPDHDKQRFTNITVPSMARFVTDSGKLAKLDELLRELKEGGHRVLLYFQMTRMIDLMEEYLTYRNYKYCRLDGSTKLEDRRDTVADFQTRPEIFIFLLSTRAGGLGINLTTADTVIFYDSDWNPTIDSQAMDRAHRLGQTKQVTVYRLITRGTIEERIRKRALQKEEVQRVVITGTGSVDFSGRRPPENRNRDIAMWLADDEQAEMIERREKELIESGEYDKIMQQRRKGGKRKRGAANGDTVPSLEDMYHEGEGHFDDNKGSGAATPVDADSLGRGGKRKKAGGSKKAKTTKQRLAIADGEIDIDYKDDDDKGTDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	209285
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	DNA strand 1
分子量 formula_weight	69527.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

CTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGCAAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTATTGAACAGCGACCTTGCCGGTGCCAGTCGGATAGTGTTCCGAGCTCCCACTCTAGAGGATCCCCGGGTACCG

Entity 3 polymer

描述 description	DNA strand 2
分子量 formula_weight	70043.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

CGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGTGGGAGCTCGGAACACTATCCGACTGGCACCGGCAAGGTCGCTGTTCAATACATGCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTTGCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAG

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子量 formula_weight	103.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8oo9G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	72400

fit	/app/data/saxs_computation/oo/8oo9/8oo9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oo/8oo9/8oo9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oo/8oo9/8oo9.dat

CryoEM Structure INO80core Hexasome complex ATPase-DNA refinement state1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)