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Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus in complex with 2-oxoglutarate and MgATP at 2.15 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 168.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ooo
沉积日期 deposition_date	2023-04-05
结构标题 title	Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus in complex with 2-oxoglutarate and MgATP at 2.15 A resolution
关键词 keywords	;Nitrogen-assimilation, methanogenic archaea, allosteric activation, hydrogenotrophic, thermophile, marine, 2-oxoglutarate, glutamate, ATP, allosteric binding site, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.10 Å
零角强度 I(0) i0	5183180000.00
分子量 molecular_weight	612260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	766580 Å³
包络体积 envelope_volume	1048200 Å³
水化壳体积 shell_volume	146940 Å³
包络直径 envelope_diameter	161.8 Å
壳层 Rg shell_rg	68.08 Å
包络 Rg envelope_rg	53.07 Å
形状 Rg shape_rg	55.08 Å
总 Rg total_rg	55.43 Å
总原子数 total_atoms	43118
残基数 n_residues	5364
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.5 Å
Rg (实空间) rg_real	55.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5190000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8128
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	78.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.113
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.588
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	365100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.933; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
分子量 formula_weight	50296.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	46159

MSTVEQVLEYVKSNNVKFMRFQFVDILGVPKNVAFPIKAGEKGIEELRDVLENGLYFDGSSIEGFVGINESDMMLKPDLSTFSVLPWRPSEKSVARVICDVYTTKGKPFEGDPRGCLKRVMEEFKKEFNGEYFVGPEPEFFLLKKDPHNPHKYIPADDGGYFDLEPMDEAPDIRRDIVFALENLGFHVEASHHEVAPGQHEVDFKFDDALKTADSVITFKTTIKTIAEQHGLKATFMPKPFFGMNGSGMHCHQSIWLNGEPSFYDENAPYQLSETCMNYVAGILKHAKAIVAITNPTVNSYKRLVPGYEAPVNIAWANSNRSAIIRVPAARGKGTRIEFRAPDPSCNPYLAFTVMLAAGLDGVKNKLDAPEPVERNIFAMSEAEKKELGIESVPANLKAALDELENNDVLKNALGKHIFESFLEIKNAEWDSFRTSVTDWETTAYLKI

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-OXOGLUTARIC ACID
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 7 non-polymer

描述 description	METHOXY-ETHOXYL
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3041

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	112.337 Å
晶胞边长 b length_b	131.773 Å
晶胞边长 c length_c	131.507 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	60.04 °
晶胞夹角 β angle_beta	87.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	67.34 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.149 Å
最低分辨率 resolution_low	42.880 Å
R 因子 r_factor	0.1832
R_work r_work	0.1816
R_free r_free	0.2140

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