8ooz

Glutamine synthetase from Methermicoccus shengliensis in complex with MgATP at 2.7 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 162.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ooz
沉积日期 deposition_date	2023-04-06
结构标题 title	Glutamine synthetase from Methermicoccus shengliensis in complex with MgATP at 2.7 A resolution
关键词 keywords	Nitrogen-assimilation, methanogenic archaea, conformational change, methylotrophic, thermophile, ammonia, glutamate, ATP, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.14 Å
零角强度 I(0) i0	4797080000.00
分子量 molecular_weight	586160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	733600 Å³
包络体积 envelope_volume	1037800 Å³
水化壳体积 shell_volume	145960 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.0 Å
壳层 Rg shell_rg	67.82 Å
包络 Rg envelope_rg	52.94 Å
形状 Rg shape_rg	55.11 Å
总 Rg total_rg	55.49 Å
总原子数 total_atoms	41246
残基数 n_residues	5177
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	162.5 Å
Rg (实空间) rg_real	55.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4010e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4803000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8641
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	81.3 Å
偏度 Skewness skewness	-0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.575
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	351800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.534

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Glutamine synthetase
分子量 formula_weight	49586.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	41279

MGSKEDEIFRIVEEKNVRFVRLQFVDVQGIPKNVAIPVGQLEKALGPGIHFDGSSIEGFVRIEESDMVLRPDPDTFRVLPWSGNEGTAEARLICDIELPDGKPFMGCPRQVLKKNMEEAAKLGYVMNTGPEMEFFLFKRQDGMPTNIPQDRGGYFDLAPIDLAEEIKREIVLVLEEMGFEVEAAHHEVAFGQHEIDFKYDNALATADNVITLKYVAKTLALQHGLHATFMPKPIFGVNGSGMHTNTSLFKDGKNAFYDPDAPDQISDTLRYFVGGVLKHIRAITAITNPLVNSYKRLVPGYEAPVYITWSGPNRSSLIRVPAPRGNSTRIEIRSPDPSCNPYLAFAAILAAGLDGVKNKIEPPERVEKNIYKLTEEEREKLGIGMLPGTLKEAIECFKEDELLVSALGEHVSQSIINVAMADWDSYRTQVHQWELDRYLQTY

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	131.548 Å
晶胞边长 b length_b	197.399 Å
晶胞边长 c length_c	135.171 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	49.100 Å
R 因子 r_factor	0.1972
R_work r_work	0.1961
R_free r_free	0.2172

fit	/app/data/saxs_computation/oo/8ooz/8ooz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oo/8ooz/8ooz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oo/8ooz/8ooz.dat

Glutamine synthetase from Methermicoccus shengliensis in complex with MgATP at 2.7 A resolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction