8op0

VHH Z70 mutant 20 in interaction with PHF6 Tau peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 49.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8op0
沉积日期 deposition_date	2023-04-06
结构标题 title	VHH Z70 mutant 20 in interaction with PHF6 Tau peptide
关键词 keywords	VHH, nanobody, complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.91 Å
零角强度 I(0) i0	3796690.00
分子量 molecular_weight	13325.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16449 Å³
包络体积 envelope_volume	18995 Å³
水化壳体积 shell_volume	11692 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.3 Å
壳层 Rg shell_rg	19.55 Å
包络 Rg envelope_rg	14.37 Å
形状 Rg shape_rg	13.90 Å
总 Rg total_rg	15.11 Å
总原子数 total_atoms	1818
残基数 n_residues	124
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.3 Å
Rg (实空间) rg_real	15.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7970e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7240e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3797000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8924
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.211
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.355
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	871500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.982

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	VHH Z70 mutant 20
分子量 formula_weight	13816.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1967

GAMAEVQLQASGGVFVQSGGSLRLSCAASGATSTFDGMGWFRQAPGKEKEFVSAISYEQGSYTYYADSVKGRFTISRDNSKNMVYLQMNSLRAEDTATYYCAPAYEGDLYAFDSYGEQGTQVTVSSAAA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Tau PHF6 peptide
分子量 formula_weight	1460.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PGGGSVQIVYKPKK

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	94

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8op0A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	135.309 Å
晶胞边长 b length_b	135.309 Å
晶胞边长 c length_c	35.508 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.540 Å
最低分辨率 resolution_low	44.230 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1598
R_free r_free	0.1967

fit	/app/data/saxs_computation/op/8op0/8op0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/op/8op0/8op0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/op/8op0/8op0.dat

VHH Z70 mutant 20 in interaction with PHF6 Tau peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)