8orp

Crystal structure of Drosophila melanogaster alpha-amylase in complex with the inhibitor acarbose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8orp
沉积日期 deposition_date	2023-04-16
结构标题 title	Crystal structure of Drosophila melanogaster alpha-amylase in complex with the inhibitor acarbose
关键词 keywords	ALPHA-AMYLASE, ALPHA-1, 4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE, BETA- ALPHA-EIGHT BARREL, ADAPTATION, HYDROLASE, INHIBITOR, ACARBOSE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.42 Å
零角强度 I(0) i0	199160000.00
分子量 molecular_weight	108720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133470 Å³
包络体积 envelope_volume	159040 Å³
水化壳体积 shell_volume	38422 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.4 Å
壳层 Rg shell_rg	40.64 Å
包络 Rg envelope_rg	34.86 Å
形状 Rg shape_rg	35.41 Å
总 Rg total_rg	35.78 Å
总原子数 total_atoms	7622
残基数 n_residues	952
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.2 Å
Rg (实空间) rg_real	35.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	199100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8518
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.522
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	55260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.787; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.791; Smooth: 0.916

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-amylase A
分子量 formula_weight	53797.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8503

MFLAKSIVCLALLAVANAQFDTNYASGRSGMVHLFEWKWDDIAAECENFLGPNGYAGVQVSPVNENAVKDSRPWWERYQPISYKLETRSGNEEQFASMVKRCNAVGVRTYVDVVFNHMAADGGTYGTGGSTASPSSKSYPGVPYSSLDFNPTCAISNYNDANEVRNCELVGLRDLNQGNSYVQDKVVEFLDHLIDLGVAGFRVDAAKHMWPADLAVIYGRLKNLNTDHGFASGSKAYIVQEVIDMGGEAISKSEYTGLGAITEFRHSDSIGKVFRGKDQLQYLTNWGTAWGFAASDRSLVFVDNHDNQRGHGAGGADVLTYKVPKQYKMASAFMLAHPFGTPRVMSSFSFTDTDQGPPTTDGHNIASPIFNSDNSCSGGWVCEHRWRQIYNMVAFRNTVGSDEIQNWWDNGSNQISFSRGSRGFVAFNNDNYDLNSSLQTGLPAGTYCDVISGSKSGSSCTGKTVTVGSDGRASINIGSSEDDGVLAIHVNAKL

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia

Entity 2 branched

描述 description	;4,6-dideoxy-4-{[(1S,2S,3S,4R,5R)-2,3,4-trihydroxy-5-(hydroxymethyl)cyclohexyl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	647.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 branched

描述 description	;4,6-dideoxy-4-{[(1S,2S,3S,4R,5R)-2,3,4-trihydroxy-5-(hydroxymethyl)cyclohexyl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	485.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	38

Entity 6 non-polymer

描述 description	STRONTIUM ION
分子量 formula_weight	87.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	875

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8orpA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	8orpB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.080 Å
晶胞边长 b length_b	72.540 Å
晶胞边长 c length_c	98.210 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	29.570 Å
R 因子 r_factor	0.1760
R_work r_work	0.1741
R_free r_free	0.2116

fit	/app/data/saxs_computation/or/8orp/8orp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/or/8orp/8orp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/or/8orp/8orp.dat