8oru

;cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase from the hyperthermophilic archaeon Methanothermus fervidus bound to 2,3-diphosphoglycerate and ADP. ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 124.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8oru
沉积日期 deposition_date	2023-04-17
结构标题 title	;cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase from the hyperthermophilic archaeon Methanothermus fervidus bound to 2,3-diphosphoglycerate and ADP. ;
关键词 keywords	Synthetase, extremolyte, thermophilic, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.75 Å
零角强度 I(0) i0	614242000.00
分子量 molecular_weight	206880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	260680 Å³
包络体积 envelope_volume	338160 Å³
水化壳体积 shell_volume	68475 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.6 Å
壳层 Rg shell_rg	47.46 Å
包络 Rg envelope_rg	39.30 Å
形状 Rg shape_rg	39.77 Å
总 Rg total_rg	40.10 Å
总原子数 total_atoms	29272
残基数 n_residues	1836
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0570e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	614400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9018
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	57.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.032
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.656
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	177900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.934

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Cyclic 2,3-diphosphoglycerate synthetase
分子量 formula_weight	50724.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,BBB,CCC,DDD
原子数 atom_count	29322

GETKKMICLVDGEHYFPVVKDSIEILDDLEHIDVVAVVFIGGTEKLQIEDPKEYSEKLGKPVFFGPDPKKIPYDVIKKCVKKYNADIVMDLSDEPVVDYTKRFRIASIVLKEGAVYQGADFKFEPLTEYDVLEKPSIKIIGTGKRIGKTAVSAYAARVIHKHKYNPCVVAMGRGGPREPEIVEGNKIEITAEYLLEQADKGVHAASDHWEDALMSRILTVGCRRCGGGMLGDTFITNVKRGAEIANKLDSDFVIMEGSGAAIPPVKTNRQIVTVGANQPMININNFFGPFRIGLADLVIITMCEEPMATTEKIKKVEKFIKEINPSANVIPTVFRPKPVGNVEGKKVLFATTAPKVVVGKLVNYLESKYGCDVVGVTPHLSNRPLLRRDLKKYINKADLMLTELKAAAVDVATRVAIEAGLDVVYCDNIPVVIDESYGNIDDAIIEVVEMAIDDFKNNR

来源 Source

来源生物 organism	Methanothermus fervidus DSM 2088
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	523846
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-diphosphoglyceric acid
分子量 formula_weight	266.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	50

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.234 Å
晶胞边长 b length_b	71.478 Å
晶胞边长 c length_c	103.543 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	97.02 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	99.05 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.230 Å
最低分辨率 resolution_low	69.920 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/or/8oru/8oru.fit
pddf	/app/data/pr_computation/or/8oru/8oru.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/or/8oru/8oru.dat