8os1

X-ray structure of the Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) of Trypanosoma Cruzi PEX5 in complex with the PTS1 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8os1
沉积日期 deposition_date	2023-04-17
结构标题 title	X-ray structure of the Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) of Trypanosoma Cruzi PEX5 in complex with the PTS1 peptide
关键词 keywords	TPR domain, Complex, Peroxisomal targeting signal 1 binding domain, cargo recognition protein, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.77 Å
零角强度 I(0) i0	84612300.00
分子量 molecular_weight	69689.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86211 Å³
包络体积 envelope_volume	102760 Å³
水化壳体积 shell_volume	33514 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.03 Å
包络 Rg envelope_rg	24.75 Å
形状 Rg shape_rg	24.76 Å
总 Rg total_rg	25.63 Å
总原子数 total_atoms	4888
残基数 n_residues	612
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.7 Å
Rg (实空间) rg_real	25.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	84610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8972
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.159
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.415
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.995

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Peroxisome targeting signal 1 receptor
分子量 formula_weight	36292.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	5252

METNYPFEPNNPYMYHDKPMEEGIAMLQLANMAEAALAFEAVCQKEPENVEAWRRLGTTQAENEKDCLAIIALNHARMLDPKDIAVHAALAVSHTNEHNVGAALQSLRSWLLSQPQYEHLGLVDLQEVAADEGLDEVPEENYFFAAPSEYRDCCTLLYAAVEMNPNDPQLHASLGVLHNLSHRFDEAAKNFRRAVELRPDDAHTWNKLGATLANGNRPQEALEAYNRALDINPGYVRVMYNMAVSYSNMAQYPLAAKHITRAIALQAGGTNPQGEGSRIATRGLWDLLRMTLNLMDRSDLVEASWQQDLTPFLKEFGLEDMAV

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Peroxisome targeting signal 1 receptor
分子量 formula_weight	36368.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Peroxisomal targeting signal 1 (PTS1)
分子量 formula_weight	638.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

YQSKL

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	288

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	129.331 Å
晶胞边长 b length_b	69.936 Å
晶胞边长 c length_c	71.106 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	48.220 Å
R 因子 r_factor	0.1954
R_work r_work	0.1926
R_free r_free	0.2528

fit	/app/data/saxs_computation/os/8os1/8os1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/os/8os1/8os1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/os/8os1/8os1.dat

X-ray structure of the Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) of Trypanosoma Cruzi PEX5 in complex with the PTS1 peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)