SAXSdb — 8os6

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8os6
沉积日期 deposition_date	2023-04-18
结构标题 title	Structure of a GFRA1/GDNF LICAM complex
关键词 keywords	Adhesion, Synapse, Complex, signalling, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.70 Å
零角强度 I(0) i0	1883790000.00
分子量 molecular_weight	342170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	419800 Å³
包络体积 envelope_volume	729320 Å³
水化壳体积 shell_volume	111650 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.0 Å
壳层 Rg shell_rg	62.80 Å
包络 Rg envelope_rg	48.78 Å
形状 Rg shape_rg	53.71 Å
总 Rg total_rg	53.92 Å
总原子数 total_atoms	46469
残基数 n_residues	3001
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.5 Å
Rg (实空间) rg_real	54.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8840e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1040e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1886000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8371
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	87.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.255
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.653
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	GDNF family receptor alpha
分子量 formula_weight	29249.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S
原子数 atom_count	46489

MKKEKNCLRIYWGIYQHLQGNDLLEDSPYEPVNSRLSDIFRLAPIYSGEPALAKENNCLNAAKACNLNDTCKKYRSAYISPCTSRVSTAEVCNKRKCHKALRQFFDKVPPKHSYGMLYCSCPLGDQSACSERRRQTIVPACSYEDKERPNCLTLQVSCKTNYICRSRLADFFTNCQPEPLSLSGCLKENYADCLLSYSGLIGTVMTPNYLRSPKISVSPFCDCSSSGNSKEECDRFTEFFTDNACLRNAIQAFGNGTGSE

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Glial cell line-derived neurotrophic factor
分子量 formula_weight	11338.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R,T

GQGRGCLLKEIHLNVTDLDLGYRTKEELIFRYCSGPCHDAETNYDKILNNLTHNKKLDKDTPSRTCCRPIAFDDDISFLDDSLEYHTLKKHSAKKCACV

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	19

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.140 Å
晶胞边长 b length_b	170.044 Å
晶胞边长 c length_c	130.791 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.17 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.660 Å
最低分辨率 resolution_low	90.450 Å
R 因子 r_factor	0.2456
R_work r_work	0.2437
R_free r_free	0.2828

fit	/app/data/saxs_computation/os/8os6/8os6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/os/8os6/8os6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/os/8os6/8os6.dat

Structure of a GFRA1/GDNF LICAM complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)