SAXSdb — 8ouo

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ouo
沉积日期 deposition_date	2023-04-24
结构标题 title	Human TPC2 in Complex with Antagonist (S)-SG-094
关键词 keywords	TPC2, two-pore channel, ion channel, inhibitor, homodimer, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.85 Å
零角强度 I(0) i0	268460000.00
分子量 molecular_weight	152190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	198480 Å³
包络体积 envelope_volume	251330 Å³
水化壳体积 shell_volume	56162 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.5 Å
壳层 Rg shell_rg	43.52 Å
包络 Rg envelope_rg	36.90 Å
形状 Rg shape_rg	36.86 Å
总 Rg total_rg	37.31 Å
总原子数 total_atoms	10749
残基数 n_residues	1273
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	268500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9012
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.119
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.536
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	13680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.910

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Two pore channel protein 2
分子量 formula_weight	85285.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10749

MAEPQAESEPAAGGARGGGGDWPAGLTTYRSIQVGPGAAARWDLCIDQAVVFIEDAIQYRSINHRVDASSMWLYRRYYSNVCQRTLSFTIFLILFLAFIETPSSLTSTADVRYRAAPWEPPCGLTESVEVLCLLVFAADLSVKGYLFGWAHFQKNLWLLGYLVVLVVSLVDWTVSLSLVCHEPLRIRRLLRPFFLLQNSSMMKKTLKCIRWSLPEMASVGLLLAIHLCLFTMFGMLLFAGGKQDDGQDRERLTYFQNLPESLTSLLVLLTTANNPDVMIPAYSKNRAYAIFFIVFTVIGSLFLMNLLTAIIYSQFRGYLMKSLQTSLFRRRLGTRAAFEVLSSMVGEGGAFPQAVGVKPQNLLQVLQKVQLDSSHKQAMMEKVRSYGSVLLSAEEFQKLFNELDRSVVKEHPPRPEYQSPFLQSAQFLFGHYYFDYLGNLIALANLVSICVFLVLDADVLPAERDDFILGILNCVFIVYYLLEMLLKVFALGLRGYLSYPSNVFDGLLTVVLLVLEISTLAVYRLPHPGWRPEMVGLLSLWDMTRMLNMLIVFRFLRIIPSMKPMAVVASTVLGLVQNMRAFGGILVVVYYVFAIIGINLFRGVIVALPGNSSLAPANGSAPCGSFEQLEYWANNFDDFAAALVTLWNLMVVNNWQVFLDAYRRYSGPWSKIYFVLWWLVSSVIWVNLFLALILENFLHKWDPRSHLQPLAGTPEATYQMTVELLFRDILEEPEEDELTERLSQHPHLWLCR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	di-heneicosanoyl phosphatidyl choline
分子量 formula_weight	875.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	;2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside ;
分子量 formula_weight	1165.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	(1S)-6-methoxy-2-methyl-7-phenoxy-1-[(4-phenoxyphenyl)methyl]-3,4-dihydro-1H-isoquinoline
分子量 formula_weight	451.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	109417

fit	/app/data/saxs_computation/ou/8ouo/8ouo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ou/8ouo/8ouo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ou/8ouo/8ouo.dat

Human TPC2 in Complex with Antagonist (S)-SG-094

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution