8ovh

;Crystal structure of O-acetyl-L-homoserine sulfhydrolase from Saccharomyces cerevisiae in complex with Pyridoxal-5'-phosphate ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ovh
沉积日期 deposition_date	2023-04-26
结构标题 title	;Crystal structure of O-acetyl-L-homoserine sulfhydrolase from Saccharomyces cerevisiae in complex with Pyridoxal-5'-phosphate ;
关键词 keywords	Homocysteine/cysteine synthase, O-acetyl-L-homoserine lyase, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.88 Å
零角强度 I(0) i0	448534000.00
分子量 molecular_weight	175950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	221370 Å³
包络体积 envelope_volume	266350 Å³
水化壳体积 shell_volume	60323 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.2 Å
壳层 Rg shell_rg	43.90 Å
包络 Rg envelope_rg	34.98 Å
形状 Rg shape_rg	34.90 Å
总 Rg total_rg	35.38 Å
总原子数 total_atoms	12468
残基数 n_residues	1600
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.8 Å
Rg (实空间) rg_real	35.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	448600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9080
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.091
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.598
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	124000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.945

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Homocysteine/cysteine synthase
分子量 formula_weight	50897.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.47,2.5.1.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12954

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMPSHFDTVQLHAGQENPGDNAHRSRAVPIYATTSYVFENSKHGSQLFGLEVPGYVYSRFQNPTSNVLEERIAALEGGAAALAVSSGQAAQTLAIQGLAHTGDNIVSTSYLYGGTYNQFKISFKRFGIEARFVEGDNPEEFEKVFDERTKAVYLETIGNPKYNVPDFEKIVAIAHKHGIPVVVDNTFGAGGYFCQPIKYGADIVTHSATKWIGGHGTTIGGIIVDSGKFPWKDYPEKFPQFSQPAEGYHGTIYNEAYGNLAYIVHVRTELLRDLGPLMNPFASFLLLQGVETLSLRAERHGENALKLAKWLEQSPYVSWVSYPGLASHSHHENAKKYLSNGFGGVLSFGVKDLPNADKETDPFKLSGAQVVDNLKLASNLANVGDAKTLVIAPYFTTHKQLNDKEKLASGVTKDLIRVSVGIEFIDDIIADFQQSFETVFAGQKP

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	482

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	61.579 Å
晶胞边长 b length_b	118.218 Å
晶胞边长 c length_c	131.381 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.171 Å
最低分辨率 resolution_low	49.590 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1715
R_free r_free	0.2376

fit	/app/data/saxs_computation/ov/8ovh/8ovh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ov/8ovh/8ovh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ov/8ovh/8ovh.dat

;Crystal structure of O-acetyl-L-homoserine sulfhydrolase from Saccharomyces cerevisiae in complex with Pyridoxal-5'-phosphate ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction