8ovz

Crystal structure of D1228V c-MET bound by compound 16

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ovz
沉积日期 deposition_date	2023-04-26
结构标题 title	Crystal structure of D1228V c-MET bound by compound 16
关键词 keywords	kinase, inhibitor, cancer research, drug discovery, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.26 Å
零角强度 I(0) i0	77137300.00
分子量 molecular_weight	67369.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82927 Å³
包络体积 envelope_volume	102440 Å³
水化壳体积 shell_volume	30794 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.75 Å
包络 Rg envelope_rg	28.22 Å
形状 Rg shape_rg	28.34 Å
总 Rg total_rg	28.64 Å
总原子数 total_atoms	4597
残基数 n_residues	576
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.3 Å
Rg (实空间) rg_real	28.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8783
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.423
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.348
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.918; Smooth: 0.933

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Hepatocyte growth factor receptor
分子量 formula_weight	34826.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
突变 mutation	D1228V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4768

GDSDISSPLLQNTVHIDLSALNPELVQAVQHVVIGPSSLIVHFNEVIGRGHFGCVYHGTLLDNDGKKIHCAVKSLNRITDIGEVSQFLTEGIIMKDFSHPNVLSLLGICLRSEGSPLVVLPYMKHGDLRNFIRNETHNPTVKDLIGFGLQVAKGMKYLASKKFVHRDLAARNCMLDEKFTVKVADFGLARVMYDKEYYSVHNKTGAKLPVKWMALESLQTQKFTTKSDVWSFGVLLWELMTRGAPPYPDVNTFDITVYLLQGRRLLQPEYCPDPLYEVMLKCWHPKAEMRPSFSELVSRISAIFSTFIG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

Entity 3 non-polymer

描述 description	1-[(1S)-1-[3-(1H-imidazol-4-yl)phenyl]ethyl]-5-(1H-indazol-7-yl)pyrimidine-2,4-dione
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	171

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8ovzB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.900 Å
晶胞边长 b length_b	56.670 Å
晶胞边长 c length_c	215.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.206 Å
最低分辨率 resolution_low	39.080 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2245
R_free r_free	0.2749

fit	/app/data/saxs_computation/ov/8ovz/8ovz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ov/8ovz/8ovz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ov/8ovz/8ovz.dat