8oxn

;CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE (HOD) S101A VARIANT COMPLEXED WITH 2-METHYL-QUINOLIN-4(1H)-ONE UNDER NORMOXYC CONDITIONS ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 125.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8oxn
沉积日期 deposition_date	2023-05-02
结构标题 title	;CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE (HOD) S101A VARIANT COMPLEXED WITH 2-METHYL-QUINOLIN-4(1H)-ONE UNDER NORMOXYC CONDITIONS ;
关键词 keywords	ALPHA-BETA HYDROLASE, OXIDOREDUCTASE, DIOXYGENASE, COFACTOR-DEVOID; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.48 Å
零角强度 I(0) i0	245343000.00
分子量 molecular_weight	126800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	158090 Å³
包络体积 envelope_volume	200000 Å³
水化壳体积 shell_volume	46037 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.2 Å
壳层 Rg shell_rg	42.13 Å
包络 Rg envelope_rg	37.20 Å
形状 Rg shape_rg	37.46 Å
总 Rg total_rg	37.79 Å
总原子数 total_atoms	8980
残基数 n_residues	1092
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	245300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8122
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	53.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.219
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.652
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	354800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase
分子量 formula_weight	33273.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.48
突变 mutation	C69S, S101A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,BBB,CCC,DDD
原子数 atom_count	9196

MRGSHHHHHHGSMTDTYLHETLVFDNKLSYIDNQRDTDGPAILLLPGWCHDHRVYKYLIQELDADFRVIVPNWRGHGLSPSEVPDFGYQEQVKDALEILDQLGVETFLPVSHAHGGWVLVELLEQAGPERAPRGIIMDWLMWAPKPDFAKSLTLLKDPERWREGTHGLFDVWLDGHDEKRVRHHLLEEMADYGYDCWGRSGRVIEDAYGRNGSPMQMMANLTKTRPIRHIFSQPTEPEYEKINSDFAEQHPWFSYAKLGGPTHFPAIDVPDRAAVHIREFATAIRQGQ

来源 Source

来源生物 organism	Paenarthrobacter nitroguajacolicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	211146
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-methyl-quinolin-4(1H)-one
分子量 formula_weight	159.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	S,R MESO-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	158

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	44.800 Å
晶胞边长 b length_b	167.790 Å
晶胞边长 c length_c	167.910 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	46.560 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1734
R_free r_free	0.1942

fit	/app/data/saxs_computation/ox/8oxn/8oxn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ox/8oxn/8oxn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ox/8oxn/8oxn.dat

;CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE (HOD) S101A VARIANT COMPLEXED WITH 2-METHYL-QUINOLIN-4(1H)-ONE UNDER NORMOXYC CONDITIONS ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction