8oyg

Crystal structure of ASBTNM in complex with pantoate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8oyg
沉积日期 deposition_date	2023-05-04
结构标题 title	Crystal structure of ASBTNM in complex with pantoate
关键词 keywords	Secondary Membrane Transporter, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.52 Å
零角强度 I(0) i0	14651500.00
分子量 molecular_weight	32851.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42874 Å³
包络体积 envelope_volume	47296 Å³
水化壳体积 shell_volume	20837 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.39 Å
包络 Rg envelope_rg	18.89 Å
形状 Rg shape_rg	18.50 Å
总 Rg total_rg	19.71 Å
总原子数 total_atoms	4738
残基数 n_residues	310
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.8 Å
Rg (实空间) rg_real	19.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6383
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.161
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.414
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2824000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.226; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Transporter
分子量 formula_weight	33836.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4763

MNILSKISSFIGKTFSLWAALFAAAAFFAPDTFKWAGPYIPWLLGIIMFGMGLTLKPSDFDILFKHPKVVIIGVIAQFAIMPATAWLLSKLLNLPAEIAVGVILVGCCPGGTASNVMTYLARGNVALSVAVTSVSTLISPLLTPAIFLMLAGEMLEIQAAGMLMSIVKMVLLPIVLGLIVHKVLGSKTEKLTDALPLVSVAAIVLIIGAVVGASKGKIMESGLLIFAVVVLHNGIGYLLGFFAAKWTGLPYDAQKTLTIEVGMQNSGLAAALAAAHFAAAPVVAVPGALFSVWHNISGSLLATYWAAKAGKHKKPGSLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria meningitidis MC58
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	122586
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	PANTOATE
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	25

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.963 Å
晶胞边长 b length_b	89.364 Å
晶胞边长 c length_c	53.052 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	124.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	44.000 Å
R 因子 r_factor	0.2282
R_work r_work	0.2261
R_free r_free	0.2656

fit	/app/data/saxs_computation/oy/8oyg/8oyg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oy/8oyg/8oyg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oy/8oyg/8oyg.dat