8p0t

CryoEM structure of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in complex with proteasome inhibitor CP-17

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 164.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p0t
沉积日期 deposition_date	2023-05-10
结构标题 title	CryoEM structure of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in complex with proteasome inhibitor CP-17
关键词 keywords	Proteasome, 20S, Trichomonas vaginalis, covalently bound protease inhibitor CP-17, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.00 Å
零角强度 I(0) i0	6489880000.00
分子量 molecular_weight	679490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	849980 Å³
包络体积 envelope_volume	1109500 Å³
水化壳体积 shell_volume	155480 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.7 Å
壳层 Rg shell_rg	65.20 Å
包络 Rg envelope_rg	55.25 Å
形状 Rg shape_rg	56.98 Å
总 Rg total_rg	57.21 Å
总原子数 total_atoms	47778
残基数 n_residues	6130
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	164.8 Å
Rg (实空间) rg_real	57.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4900e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0650e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6494000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8332
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	73.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.202
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.428
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	669100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.004

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (15)

Entity 1 polymer

描述 description	Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
分子量 formula_weight	26511.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,O
原子数 atom_count	47778

MSSGADRYLTVFSAEGRLWQVEYSFKAVKQAEVTAVAVKSKNAVCVAVQKKVSDKLIDPSTVTHMYRITDNVGACLVGLPSDVNFIVMLLRSFANNFEYKQGFSIPVSILAQMLSERHQLESQLVYVRPSAVSAILFGLDGPSDSFALYKIEPSGYSNGFRAVACGVKEIEAMSALEKKMEDFETPEATAEFTLSTLQTVCGVDFEAQDVEVSLLTRDNSKFSKLPNDKVNEILHAVAEKD

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
分子量 formula_weight	25445.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,P

MGDSDFSLTTFSSGGKLNQIESALKAVSLGGQCVGVKAKNGAVIACESKPSSPLVEKVTNLKVQKINDNVGIVYSGVNTDFHVILKSLRKASIKYSLRLGVEMPTREVVKHAAHKMQYYTQIGGVRPFGVSLLIIGWEELGPTLWQVDPSGTFWAWKATALGKRSDGSRTFLERRYSEDQSVDDAIHTAISTLKEGFDGQLTAELIEIGVVDETRKFRTLSTAEIRDFLTEV

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	27989.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,Q

MTYRYDAGTTTFSSDGRILQVEYAIQSINQAGTAIGVQFTNGVVLAAEKKNTGRLVDYLFPEKMAKIDGHIVTAVAGLTADANTLVDLMRTSAQKYLKTYDEQMPVEQLVRMVCDEKHSYTQYGGLRPYGVSFLIAGYDRHKGCQLYLTDPSGNFGGWKATAIGENNQTAQSILKSQYKDNMTATEAMDLTVKVLCKTLDSTSLSADKLEFAVLQFREEYGPKVRILTTSEVDTLMKRYEETIKKSAEEKE

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	26306.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,R

MSDYTRSITRFSPDGRLFQIDHAHAAVQRGTTVVATRSKDMIVIAVEKTAVAKLQDPHTFSKICSLDKHVMCAFAGLHADARRLIQSGQRQCQSHRLTYEDPISIENIARYIATLQLKNTQSGGARPYGVSTLICGFDDMTSQPHIYETLPSGTYAEWKARTIGRHDQTVMEYLEKHYKDDMTDEEAQKLAIGALLEVVENGSKNLEVAYMKRGGTMEIMAEEVLDALIESTKAK

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 5 polymer

描述 description	Proteasome subunit alpha type
分子量 formula_weight	27331.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,S

MFNSGSEYDRNVNTFSPDGRLLQVEYAIEAVKLGSSAVAILCPEGVIFAVEKRLSSQLLIASSVEKVYAIDDHVGVVMAGLAADGRTMVEHMRVEAQNHRFSFDEPIGIKAVTQSVCDLALAFGEGRRKKGDGQMSRPFGTALLVAGIENGKCHLFHTDPSGTYTECRARAIGGGSEGAEALLRDLYKDGMTLHEAEDLALSTLRQVIQEKLNENNVEVACARVSTGKFEIYTSEQRQEIVARLPPPIIPE

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 6 polymer

描述 description	Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
分子量 formula_weight	25682.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,T

MFRSKYDENATTFSPEGRILQVENAMKAVQQGMPTVGLKSKTHAVIAGVMHSPSEFSSHQPKIFKIDQHIGVAISGLTADGRGLCKFLRNECLHHTFCFGTEIRVADLADTVALQSQKKTSKVGKRPYGVGLLMIGAGVDGPRLFETCPSGQHWEYNAQAIGRRAQAAKTYLETNLNEFPDCTRDQLIRHALRALNDCKSRESDSLEAIALGVVGIDEPFTILEGPELQKYID

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 7 polymer

描述 description	Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
分子量 formula_weight	27067.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,U

MSGAGSGYDFNPITFSPDGRQFQVEYATKAVEKDSLALGVKCKDGILLAAEKNLTSTLLTPGGNPRIFWINDSIACATIGHRPDCYSIVEQSRNRAETFTSNFGIKITVPQLASEVSQQFHLAHYYQAYRPFGCTVIFASYKDDALYAIEPSGAFYGYFASCFGKNSNLARAELQKTEWKNITVREAVPEVARIIKSLHESQFKKWEIEMFWLCEETNGRPQKVPEDVFQSRFVNENPQN

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 8 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	21930.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,V

TTLLAIQCTDGVVMASDSRTSSGSFIPNRATNKITEIQPKIFAARCGNAADTQFLARAVKNYLNALNITRENTDDSTILVASNVIRSLIVRYRQYLSAGVIVGGWDSAGPQVYSIEVSGMAIKKKIASNGSGSTYIQAYIDQNYREDMTMEEATKFAIAAVTGAIIRDGSSGGVVNIVQINADGAKRMTVRPAQQPFNYDIVKG

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 9 polymer

描述 description	proteasome endopeptidase complex
分子量 formula_weight	26768.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,W

TIAAAIFDGGVVLGADTRATAGPIVAVKDEMKLHYISDNIWVCGAGIAADNDNINAVISAKLRLFQMNTGLQPRVDQCTNILASRLFQYMGYIQAALIVGGIDFQGPQVYQVAPHGSFSKQPFIAQGSGSLAAISVLENRWHNKMNEHDCMEMVADAIYAGITNDLGSGSHVNLCVIKRENPEDKQSKVIYTFYKDYRVPHENDRNFRLEPQINNIDVEVIKTTERPLTLPDVHLEILDDAPA

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 10 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	23028.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,X

MSDISTYNGSCVLAMAGDHCVAIASDRRLGVNMLTVSKDFKRIFQINDRIYLGLAGLATDVLTVREQLRFDVNLLELREERPIDPKKFMNLVKSTLYEKRFSPFFVTPVIAGLLPETNEPYLAASDSIGAFAFPKDFAVAGTCEESLYGICESAWRPNMNPDELFECTAKCLIAAVERDSISGWGGIVYIITQDKVIIKEIKTRMD

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 11 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	21421.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,Y

MLSIVGLQGPDWVLIAADSSVSSSIICMSENYDRIAQLDDRHALAMSGETGDCLQLSEYLQGNVALYKFRNGVELSSDALAHFIRHTMAKAVRKSPYEVNMLLSGYDGKPHLYFMDYLGTLQSIPYGAQGYCQYFVMSVFDKHYKEGLTLEDGKELMKLALNQIKQRFTVAPHGFIVKLVDKNGITKIDLE

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 12 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	22471.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Z

TTLSFIYNGGIVVAVDSRATGGQFIFSQTVMKILPLAPNMIGTMAGGAADCQYWLRNLSRLIQLHKFRYQQPLTVAAASKILVNELYRYKGYNLSIGSMICGYDNTGPHIFYIDNHGSRIAGKRFSVGSGSTHAYGVLDTCYREDMTKEEACELGRRAIYHATYRDSGSGGRVSVVHITQNGVEWIDKTDVFDMHDFSKTTF

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 13 polymer

描述 description	Proteasome subunit beta
分子量 formula_weight	25001.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,a

MEGEFRENKKGQWSPYEMHGGTAIGICGDDYVVIGADTRLSVDYSIDSRHKARIFKMNSNCMISATGFDGDIDAFITRMRSILLNYENQHFHEMSVESVARCVSNTLYSKRFFPYYINILVGGINSEGKGKLYGYDPVGTIEDLHYDSNGSGSSLAAPLLDSAFGTIHHNTRPFPAVSLQDAKNIVRDAICSVTERDIYTGDALQLCVFTKDGFAQEEFPLPRH

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 14 polymer

描述 description	Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase
分子量 formula_weight	26486.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,b

MQVITASGAIVAAKYDGGILLASDLSITYGSMFRHNNVSHFVEVAPNIIIGASGEFADFQTLIEVIKSVILQQQCKHNGEYLTASEVHNYIKRYMYQCRSNMKPLSCKVIVAGINPDGSKFLACTDPYGASWESDHIGTGFGKYLQGLQIADVVNGSFDDVKKGITEVFRAVNARNTTANGKIEFITVTPQGINHLAPEQIDPNWEVVEGTWDQSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 15 non-polymer

描述 description	;N-[(2S)-1-[[(2S)-1-[[(1S)-1-[(2S,3R,5S,6R)-3-(hydroxymethyl)-5-methanoyl-2,3,6-trimethyl-morpholin-2-yl]-2-phenyl-ethyl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]hexanamide ;
分子量 formula_weight	777.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.65 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	197332

fit	/app/data/saxs_computation/p0/8p0t/8p0t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p0/8p0t/8p0t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p0/8p0t/8p0t.dat

CryoEM structure of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in complex with proteasome inhibitor CP-17

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (15)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 15 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)