8p1g

Crystal structure of inactive TtCE16 in complex with acetate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p1g
沉积日期 deposition_date	2023-05-12
结构标题 title	Crystal structure of inactive TtCE16 in complex with acetate
关键词 keywords	acetyl xylan esterase, acetate, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.58 Å
零角强度 I(0) i0	26793000.00
分子量 molecular_weight	39449.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49232 Å³
包络体积 envelope_volume	56534 Å³
水化壳体积 shell_volume	23335 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.88 Å
包络 Rg envelope_rg	20.08 Å
形状 Rg shape_rg	19.51 Å
总 Rg total_rg	20.72 Å
总原子数 total_atoms	2773
残基数 n_residues	323
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.7 Å
Rg (实空间) rg_real	20.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26790000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6189
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.290
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5648000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.773; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Carbohydrate esterase family 16 protein
分子量 formula_weight	39487.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3085

SIKSHKDHNFETLVTFGDAYTDNGRLGYYINHGGKAPRPGTMHDETTTTASGGLSWAQFAARDAGATLMDYAVSGAVCSNQIVSRYFDLINRTFPAILDDEIPSFQADVLFKSLYPHRTAENTVYAVWIGTNDLGWGAFLSDSQTPGKTISDFVSCVFSVLDHVYKTGGRRFVILNTVPLELAPLYALPENGGTLDSQYWNTKTKYNMTEYGQKIREYSTSVNTMLENGALVMASLKKRWPKAMVDVFDVHSLFNDIYNAPTKYLDAPHNVNSYYHQCGPAGSPCTDQPGSLNGYMWYDELHPSNKTSSIVARNFLDVVAGKSKYGTRFHRLEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Thermothelomyces thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	78579
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	275

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.542 Å
晶胞边长 b length_b	82.542 Å
晶胞边长 c length_c	101.073 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.420 Å
最低分辨率 resolution_low	41.310 Å
R 因子 r_factor	0.1679
R_work r_work	0.1671
R_free r_free	0.1825

fit	/app/data/saxs_computation/p1/8p1g/8p1g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p1/8p1g/8p1g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p1/8p1g/8p1g.dat