8p1h

;Crystal structure of the chimera of human 14-3-3 zeta and phosphorylated cytoplasmic loop fragment of the alpha7 acetylcholine receptor ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p1h
沉积日期 deposition_date	2023-05-12
结构标题 title	;Crystal structure of the chimera of human 14-3-3 zeta and phosphorylated cytoplasmic loop fragment of the alpha7 acetylcholine receptor ;
关键词 keywords	14-3-3, acetylcholine receptor, PROTEIN BINDING, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.98 Å
零角强度 I(0) i0	51004800.00
分子量 molecular_weight	53876.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66727 Å³
包络体积 envelope_volume	87143 Å³
水化壳体积 shell_volume	26408 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.69 Å
包络 Rg envelope_rg	28.80 Å
形状 Rg shape_rg	28.96 Å
总 Rg total_rg	29.61 Å
总原子数 total_atoms	3775
残基数 n_residues	479
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	51000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8806
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.354
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.695
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5172000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.890; Smooth: 0.898

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta,Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
分子量 formula_weight	27816.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4214

GPHMDKNELVQKAKLAEQAERYDDMAACMKSVTEQGAELSNEERNLLSVAYKNVVGARRSAWRVVSSIEQKTEGAAAAQQMAREYREKIETELRDICNDVLSLLEKFLIPNASQAESKVFYLKMKGDYYRYLAEVAAGDDKKGIVDQSQQAYQEAFEISAAAMQPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNSPEKACSLAKTAFDEAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTGGGGQRRCSLASVEMS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	AZIDE ION
分子量 formula_weight	42.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	BENZOIC ACID
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	369

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	71.628 Å
晶胞边长 b length_b	103.118 Å
晶胞边长 c length_c	112.804 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	21.060 Å
R 因子 r_factor	0.2110
R_work r_work	0.2089
R_free r_free	0.2532

fit	/app/data/saxs_computation/p1/8p1h/8p1h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p1/8p1h/8p1h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p1/8p1h/8p1h.dat