SAXSdb — 8p1u

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p1u
沉积日期 deposition_date	2023-05-12
结构标题 title	Structure of divisome complex FtsWIQLB
关键词 keywords	FtsWIQLB, Gram-negative bacteria, membrane protein, divisome, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.67 Å
零角强度 I(0) i0	229153000.00
分子量 molecular_weight	129800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	164960 Å³
包络体积 envelope_volume	227250 Å³
水化壳体积 shell_volume	43770 Å³
包络直径 envelope_diameter	158.7 Å
壳层 Rg shell_rg	46.36 Å
包络 Rg envelope_rg	45.02 Å
形状 Rg shape_rg	45.66 Å
总 Rg total_rg	45.74 Å
总原子数 total_atoms	9149
残基数 n_residues	1179
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.1 Å
Rg (实空间) rg_real	45.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	229000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7887
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.436
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.674
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.670; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.479; Smooth: 0.759

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Cell division protein FtsL
分子量 formula_weight	11150.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	9149

MSRLFVKRLPTGSFLMLLLYIGLLLSAIAVAYSTYWNRQLLNSLYSELSVRDKAQAEWGRLILEQSTWTAHSRIESLAVEQLRMRVPDPAEVRMVAP

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 polymer

描述 description	Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW
分子量 formula_weight	43793.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.129
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MLSVLRPFPSPLLSRHGIDLDFPLLAGCLALLGLGLVMVTSASSEVAAAQSGNPLYFSVRHLIYLVIGLISCGLTMMVPMATWQRWGWKLLLVAFGLLVLVITPGIGREVNGSMRWIGFGLFNIQPSEIAKVCVVIFMAGYLIRRQQEVRESWMGFFKPFVVLLPMAGLLLREPDFGATVVMMGAAAAMLFLGGVGLFRFGLMVLLAVGAVVLLIQTQPYRMARLTNFTDPWADQFGAGYQLSQALIAFGRGGWLGMGLGNSIQKQFYLPEAHTDFVFAVLAEELGIVGALATVALFVFVSLRALYIGIWAEQAKQFFSAYVAYGLAFLWIGQFLINIGVNVGLLPTKGLTLPFLSYGGSSLVICCACLGMLLRIEWERRTHLGSEEYEFNEEDFADER

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 3 polymer

描述 description	Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
分子量 formula_weight	62933.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.16.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKLNYFQGALYPWRFCVIVGLLLAMVGAIVWRIVDLHVIDHDFLKGQGDARSVRHIAIPAHRGLITDRNGEPLAVSTPVTTLWANPKELMTAKERWPQLAAALGQDTKLFADRIEQNAEREFIYLVRGLTPEQGEGVIALKVPGVYSIEEFRRFYPAGEVVAHAVGFTDVDDRGREGIELAFDEWLAGVPGKRQVLKDRRGRVIKDVQVTKNAKPGKTLALSIDLRLQYLAHRELRNALLENGAKAGSLVIMDVKTGEILAMTNQPTYNPNNRRNLQPAAMRNRAMIDVFEPGSTVKPFSMSAALASGRWKPSDIVDVYPGTLQIGRYTIRDVSRNSRQLDLTGILIKSSNVGISKIAFDIGAESIYSVMQQVGLGQDTGLGFPGERVGNLPNHRKWPKAETATLAYGYGLSVTAIQLAHAYAALANDGKSVPLSMTRVDRVPDGVQVISPEVASTVQGMLQQVVEAQGGVFRAQVPGYHAAGKSGTARKVSVGTKGYRENAYRSLFAGFAPATDPRIAMVVVIDEPSKAGYFGGLVSAPVFSKVMAGALRLMNVPPDNLPTATEQQQVNAAPAKGGRG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 4 polymer

描述 description	Cell division protein FtsB
分子量 formula_weight	10890.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MRLRSPYWLFVVLILALAGLQYRLWVGDGSLAQVRDLQKQIADQHGENERLLERNRILEAEVAELKKGTETVEERARHELGMVKDGETLYQLAK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 5 polymer

描述 description	Cell division protein FtsQ
分子量 formula_weight	32290.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MNGVLLRHQQPGGLGRAPRKPMPRGASRLVAKEPLSVRLPKADFSFLKYLAWPLLLAVLGYGAYRGAEYILPYADRPIAKVSVEGDLSYISQRAVQQRISPYLAASFFTIDLAGMRGQLEQMPWIAHAEVRRVWPDQVVIRLDEQLPIARWGDEALLNNQGQAFTPKELANYEHLPRLHGPQRAQQQVMQQYQLLSQLLRPLGFSIARLEMSDRGGWALTTAQGVEIQIGRDHVVDKIRRFVSIYDKALKDQISNIARIDLRYPNGLAVAWREPVTPATVATASAVQ

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	340758

fit	/app/data/saxs_computation/p1/8p1u/8p1u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p1/8p1u/8p1u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p1/8p1u/8p1u.dat

Structure of divisome complex FtsWIQLB

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)