8p1x

TarM(Se)_G117R-UDP-glucose

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8p1x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8p1x
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8p1x
沉积日期 deposition_date2023-05-13
最后修订 last_revision2023-12-06
结构标题 titleTarM(Se)_G117R-UDP-glucose
关键词 keywordsStaphylococcus epidermidis, glycosyltransferase, GT-B fold, alpha-O-glucose, wall teichoic acid, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.64
零角强度 I(0) i049415900.00
分子量 molecular_weight55794.0 kDa
排除体积 excluded_volume70218 ų
包络体积 envelope_volume86211 ų
水化壳体积 shell_volume28238 ų
包络直径 envelope_diameter85.0
壳层 Rg shell_rg32.68
包络 Rg envelope_rg25.55
形状 Rg shape_rg25.68
总 Rg total_rg26.30
总原子数 total_atoms3928
残基数 n_residues492
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.4
Rg (实空间) rg_real26.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57
I(0) (实空间) i0_real4.9420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.3240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal49420000.0000
解质量估计 total_estimate0.9099
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.8
偏度 Skewness skewness0.274
峰度 Kurtosis kurtosis-0.554
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8274000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.966

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (8)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)