8p87

;Crystal structure of the main protease (3CLpro/Mpro) of SARS-CoV-2 obtained in presence of 5 mM X77, from an "old" crystal. ;

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8p87

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8p87
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8p87
沉积日期 deposition_date2023-05-31
最后修订 last_revision2024-05-01
结构标题 title;Crystal structure of the main protease (3CLpro/Mpro) of SARS-CoV-2 obtained in presence of 5 mM X77, from an "old" crystal. ;
关键词 keywordsSARS-CoV-2, Mpro, 3CLpro, EXSCALATE4COV, drug discovery, Elettra, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.59
零角强度 I(0) i077349900.00
分子量 molecular_weight68236.0 kDa
排除体积 excluded_volume85081 ų
包络体积 envelope_volume101730 ų
水化壳体积 shell_volume32763 ų
包络直径 envelope_diameter86.5
壳层 Rg shell_rg33.29
包络 Rg envelope_rg25.76
形状 Rg shape_rg25.56
总 Rg total_rg26.47
总原子数 total_atoms9383
残基数 n_residues611
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.2
Rg (实空间) rg_real26.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50
I(0) (实空间) i0_real7.7350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal77350000.0000
解质量估计 total_estimate0.9073
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.7
偏度 Skewness skewness0.159
峰度 Kurtosis kurtosis-0.537
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha37450000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.994

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)