SAXSdb — 8p97

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p97
沉积日期 deposition_date	2023-06-05
结构标题 title	BtuB3G3 bound to cyanocobalamin with disordered EL8
关键词 keywords	Cyanocobalamin, transporter, lipoprotein, complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.54 Å
零角强度 I(0) i0	186579000.00
分子量 molecular_weight	110970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	139220 Å³
包络体积 envelope_volume	174630 Å³
水化壳体积 shell_volume	45958 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.10 Å
包络 Rg envelope_rg	31.57 Å
形状 Rg shape_rg	31.54 Å
总 Rg total_rg	32.13 Å
总原子数 total_atoms	7837
残基数 n_residues	958
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	186600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8734
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.415
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.240
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.915

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	TonB-dependent receptor
分子量 formula_weight	78890.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7837

MSGQQHSSDNKNWAEKGIVIREVEILGKRPMKDIGVQQTRFDSLVLKENIALSMADILTFNSSIFVKSYGRATLSTVSFRGTSASHTQVTWNGMRINNPMLGMTDFSMIPSYFIDDASLLHGTSSVNMAGGGLGGLVKLSTVPAHQEGFGMQYVQGIGSFSTFDEFLQLKYGDKHWQISTRAVYQSSPNDYKYRNHDKKENIYDDKYNIIEQYYPIERNRSGAYKDLHILQEVYYNTGKGDRFGLNAWYTDSNRELALLTTDQGDLMDFENRQREHTLRSVLSWDHTRENWKVSARGGYVHTWLAYDYKRDLGNGIMATMTRSRSKVNTFYGQLDGEYFFSDKLLLTAGVSAHQHLVNSLDKDLNKDDNKNDKYGQGRKNDSIVYFDKGRIELSGNVSLKWQPVNRLGMSLVLRGEMFGTKWAPVIPAFFVDYVLSKRGNIMAKASITRNYRFPTLNDLYFLPGGNPALNNESGFTYETGLSFSVDKDNVYTLSGSASWFDQHINDWIIWLPTSKGFYSPVNLKKVHAYGVEVQADYAVAIDKAWKLGLNGTFAWTPSINEGEPTSKADQSVGKQLPYIPEYSATLSGRLTYRSWGLLYKWCYYSERYTMTSNAVSYTGHLPPYLMSNVTLEKGFSLRWADLSLKGTVNNLFDEEYLSVLSRPMPGINFEFFIGITPKWGKKKKGGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	226186
宿主生物 host_organism	Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482

Entity 2 polymer

描述 description	Putative surface layer protein
分子量 formula_weight	41165.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKRILLSVLFIVFCLTAFVGCMKWDYGKMEPFRATGDGLFIMNEGNFQYGNATLSYYDPETKKVENEIFYRANAMKLGDVAQSMIVRDTIGWVVVNNSHVIFAISTNTFKEVGRITGLTSPRYIHFISDEKAYITQIWDYRIFIVNPKTYQITGYIECPDMTMETGSTEQMVQYGKYVYVNCWSYQNRILKIDTTTDKVVDQLTVGIQPTSLVMDKNFKMWTITDGGYKGSPYGYEEPSLYRIDAETFKIEKQFKFQLGDAPSEVQLNGAGDELYWINKDIWRMSVDEERVPVRPFLKYRDTKYYGLTVSPKNGDVYVADAIDYQQQGMIYRYTEDGELVDEFYVGIIPGAFCWK

Entity 3 non-polymer

描述 description	CYANOCOBALAMIN
分子量 formula_weight	1356.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8p97A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — TonB-dependent receptor, beta-barrel domain

结构域编号 domain_id	8p97B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.75 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	91067

fit	/app/data/saxs_computation/p9/8p97/8p97.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p9/8p97/8p97.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p9/8p97/8p97.dat

BtuB3G3 bound to cyanocobalamin with disordered EL8

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)