8p9x

Vitamin D receptor complex with Xe4Me agonist ligand

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8p9x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8p9x
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8p9x
沉积日期 deposition_date2023-06-06
结构标题 titleVitamin D receptor complex with Xe4Me agonist ligand
关键词 keywordsnuclear receptor, agonist, ligand binding domain, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.92
零角强度 I(0) i014016500.00
分子量 molecular_weight29037.0 kDa
排除体积 excluded_volume36771 ų
包络体积 envelope_volume41402 ų
水化壳体积 shell_volume19103 ų
包络直径 envelope_diameter63.1
壳层 Rg shell_rg24.32
包络 Rg envelope_rg18.21
形状 Rg shape_rg17.88
总 Rg total_rg18.97
总原子数 total_atoms2040
残基数 n_residues249
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.9
Rg (实空间) rg_real19.09
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real1.4020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9470e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14020000.0000
解质量估计 total_estimate0.8018
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.4
偏度 Skewness skewness0.182
峰度 Kurtosis kurtosis-0.335
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2714000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (5)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)