8pde

Crystal Structure of the MADS-box/MEF2 Domain of MEF2D bound to dsDNA and HDAC4 deacetylase binding motif

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pde
沉积日期 deposition_date	2023-06-12
最后修订 last_revision	2024-04-17
结构标题 title	Crystal Structure of the MADS-box/MEF2 Domain of MEF2D bound to dsDNA and HDAC4 deacetylase binding motif
关键词 keywords	Myocyte enhancer factor 2, Class II Histone deacetylase, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.10 Å
零角强度 I(0) i0	89473200.00
分子量 molecular_weight	63916.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75620 Å³
包络体积 envelope_volume	98042 Å³
水化壳体积 shell_volume	30868 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.74 Å
包络 Rg envelope_rg	26.95 Å
形状 Rg shape_rg	27.07 Å
总 Rg total_rg	27.78 Å
总原子数 total_atoms	4416
残基数 n_residues	450
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	89470000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8906
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.404
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.284
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8822000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.922

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	MEF2D protein
分子量 formula_weight	11254.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E
原子数 atom_count	4476

MGRKKIQIQRITDERNRQVTFTKRKFGLMKKAYELSVLCDCEIALIIFNHSNKLFQYASTDMDKVLLKYTEYNEPHESRTNADIIETLRKKGFNG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	HDAC4 (histone deacetylase 4) binding motif peptide:GSGEVKMKLQEFVLNKK
分子量 formula_weight	1939.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,X

GSGEVKMKLQEFVLNKK

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPAPCPTPAPTPTPTPAPTPAPAPGPA)-3') ;
分子量 formula_weight	4286.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,K

AACTATTTATAAGA

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPCPTPTPAPTPAPAPAPTPAPGPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	4268.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G,L

TCTTATAAATAGTT

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.024 Å
晶胞边长 b length_b	76.330 Å
晶胞边长 c length_c	56.240 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	45.650 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2790

fit	/app/data/saxs_computation/pd/8pde/8pde.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pd/8pde/8pde.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pd/8pde/8pde.dat

Crystal Structure of the MADS-box/MEF2 Domain of MEF2D bound to dsDNA and HDAC4 deacetylase binding motif

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)