8pdr

Rigid body fit of assembled HMPV N-RNA spiral bound to the C-terminal region of P

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 191.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pdr
沉积日期 deposition_date	2023-06-12
结构标题 title	Rigid body fit of assembled HMPV N-RNA spiral bound to the C-terminal region of P
关键词 keywords	Nucleoprotein, Virus, Nucleocapsid, RNA-binding, HMPV, Pneumoviridae, Mononegavirales, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.12 Å
零角强度 I(0) i0	3071460000.00
分子量 molecular_weight	459130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	571420 Å³
包络体积 envelope_volume	893820 Å³
水化壳体积 shell_volume	114370 Å³
包络直径 envelope_diameter	193.2 Å
壳层 Rg shell_rg	71.79 Å
包络 Rg envelope_rg	59.43 Å
形状 Rg shape_rg	63.10 Å
总 Rg total_rg	63.32 Å
总原子数 total_atoms	32142
残基数 n_residues	4015
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.5 Å
Rg (实空间) rg_real	62.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0710e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1760e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3075000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5988
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	99.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.045
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.793
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	204200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.004; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoprotein
分子量 formula_weight	44534.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	11

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K
原子数 atom_count	32142

MSLQGIHLSDLSYKHAILKESQYTIKRDVGTTTAVTPSSLQQEITLLCGEILYAKHADYKYAAEIGIQYISTALGSERVQQILRNSGSEVQVVLTRTYSLGKIKNNKGEDLQMLDIHGVEKSWVEEIDKEARKTMATLLKESSGNIPQNQRPSAPDTPIILLCVGALIFTKLASTIEVGLETTVRRANRVLSDALKRYPRMDIPKIARSFYDLFEQKVYHRSLFIEYGKALGSSSTGSKAESLFVNIFMQAYGAGQTMLRWGVIARSSNNIMLGHVSVQAELKQVTEVYDLVREMGPESGLLHLRQSPKAGLLSLANCPNFASVVLGNASGLGIIGMYRGRVPNTELFSAAESYAKSLKESNKINFSSLGLTDEEKEAAEHFLNVSDDSQNDYEKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human metapneumovirus (strain CAN97-83)
通用名 common_name	HMPV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	694067
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Phosphoprotein
分子量 formula_weight	1139.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V

EDDIYQLIM

Entity 3 polymer

描述 description	RNA
分子量 formula_weight	2091.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k

CCCCCCC

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	201568

fit	/app/data/saxs_computation/pd/8pdr/8pdr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pd/8pdr/8pdr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pd/8pdr/8pdr.dat

Rigid body fit of assembled HMPV N-RNA spiral bound to the C-terminal region of P

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)