8pe1

Crystal structure of Gel4 in complex with Nanobody 4

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 181.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pe1
沉积日期 deposition_date	2023-06-13
结构标题 title	Crystal structure of Gel4 in complex with Nanobody 4
关键词 keywords	Transglycosylase, b-1, 3-glucan, nanobodies, fungal diseases, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.14 Å
零角强度 I(0) i0	270920000.00
分子量 molecular_weight	129160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159210 Å³
包络体积 envelope_volume	221120 Å³
水化壳体积 shell_volume	44973 Å³
包络直径 envelope_diameter	193.8 Å
壳层 Rg shell_rg	41.76 Å
包络 Rg envelope_rg	49.31 Å
形状 Rg shape_rg	48.07 Å
总 Rg total_rg	48.03 Å
总原子数 total_atoms	9064
残基数 n_residues	1141
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	181.0 Å
Rg (实空间) rg_real	48.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.8640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	270500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6634
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.792
峰度 Kurtosis kurtosis	0.042
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.287; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.220; Smooth: 0.537

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	1,3-beta-glucanosyltransferase
分子量 formula_weight	50267.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	9781

ATLPVIEAKGNKFFYSNNGTEFFIRGVAYQQEYQANGTSTENSDYTDPLANVDNCKRDIPYLKQLRTNVIRTYAVDPTKDHDECMKLLDDAGIYLITDLSAPSESINRADPAWNTDLYKRYTSVIDAFAKYSNVIGFFAGNEVANDNNNTNSIAYVKAAVRDMKSYIKSKDYRSSLLVGYATDDDAHIRADLADYLVCGDKESSIDMFGYNIYEWCGDSSFEKSGYKDRTEEFSKYPVPAFFSEYGCIDPKPRKFTDVAALYGPQMNDVWSGGIVYMYFQEANDYGLVSVSGDNVKTKEDFSYLSVQMQKVTATGVNSASYTASNTAVPTCPSVGAKWEASNKLPPSPNSELCDCMVETLSCTVKDSVDEKEYGDLFDYLCAAGVCGGINSNSTSGDYGAYSVCSAKQKLSFVMNQYYKKNNKAATACDFDGKAQTKKGADASGSCASLISQAGTAGT

来源 Source

来源生物 organism	Aspergillus fumigatus Af293
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	330879
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody 4
分子量 formula_weight	13775.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLACEGSGFTFSNHVMRWYRQSPDKEREMVAVISQTGTNSDYLDSVKGRFTISRNNAENIMYLQMNNLTPEDTAVYLCNAVRGRRNDGSFENDYWGQGTQVTVSSA

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	689

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	85.388 Å
晶胞边长 b length_b	86.330 Å
晶胞边长 c length_c	178.331 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.010 Å
R 因子 r_factor	0.2173
R_work r_work	0.2154
R_free r_free	0.2645

fit	/app/data/saxs_computation/pe/8pe1/8pe1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pe/8pe1/8pe1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pe/8pe1/8pe1.dat

Crystal structure of Gel4 in complex with Nanobody 4

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)