8pej

CjGH35 with a Galactosidase Activity-Based Probe

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 235.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pej
沉积日期 deposition_date	2023-06-14
结构标题 title	CjGH35 with a Galactosidase Activity-Based Probe
关键词 keywords	Beta-galactosidase, Complex, Activity-based Probe, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.69 Å
零角强度 I(0) i0	3135800000.00
分子量 molecular_weight	480200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	602950 Å³
包络体积 envelope_volume	903350 Å³
水化壳体积 shell_volume	118060 Å³
包络直径 envelope_diameter	235.9 Å
壳层 Rg shell_rg	61.82 Å
包络 Rg envelope_rg	64.27 Å
形状 Rg shape_rg	66.68 Å
总 Rg total_rg	66.61 Å
总原子数 total_atoms	66781
残基数 n_residues	4310
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	235.1 Å
Rg (实空间) rg_real	66.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1360e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8300e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3132000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8182
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	78.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.430
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.289
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0010
最高正则化参数 α highest_alpha	78140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.630; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.746

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-galactosidase, putative, bgl35A
分子量 formula_weight	62127.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	72581

MGSSHHHHHHAAPLPELLSNNGKHALMVDGAPYIILGSQTNNSSNYPDALKDVWPSMEKMGANTLSIPVAWEQIEPVEGQFDFSFVDVLLKEARQRKVRLVLLWFATWKNNAPHYAPAWVKLDNARFPRVVKEDGDTLNSLSPLGQNTLAADKKAFVELMKYLAKRDKDHTVIMVQVQNEVGTYGAVRDYSPMAQAVFNAAVPDDLIQKLQLKPGTWSQVFGRDADEFFHAYQIARYCDEVTVAGKAIKNLPMYVNVALRNPFNPGLPGQYSSGGGTDNVLHIWKAAAPNIDLIAPDIYFRDYKTVSKVLELYTRPDNALFVAEIGNDQPFARYLFPTLGKGGIGFSPFGMDDTDYTNYPLGAKVYNDETIEQFAQVYRLVNPMMREWARLSYQGQVWGVAEPLDSTTETQKIWNAEATPEEKEQHKKDRASALTQQLDLGLWDAEVTYGRPMFWVTPPEGNTPAAGGALIAQLDDNEYLVTAYKARVEFKPSQELAGKKFMIERVEEGRFEKGKWVMERVWNGDQTDWGLNFTDRPHLLRVKMASYSVQ

来源 Source

来源生物 organism	Cellvibrio japonicus Ueda107
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	498211
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

Entity 3 non-polymer

描述 description	(1~{S},2~{S},4~{S},5~{R})-6-(hydroxymethyl)cyclohexane-1,2,3,4,5-pentol
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4413

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.316 Å
晶胞边长 b length_b	116.212 Å
晶胞边长 c length_c	116.396 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.24 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.09 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	82.544 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1566
R_free r_free	0.1810

fit	/app/data/saxs_computation/pe/8pej/8pej.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pe/8pej/8pej.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pe/8pej/8pej.dat

CjGH35 with a Galactosidase Activity-Based Probe

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction