8pel

Structure of C. thermophilum RNA exosome core

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pel
沉积日期 deposition_date	2023-06-14
结构标题 title	Structure of C. thermophilum RNA exosome core
关键词 keywords	nuclease, RNA degradation, RNA metabolism, RNA binding, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.29 Å
零角强度 I(0) i0	929298000.00
分子量 molecular_weight	251060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	315120 Å³
包络体积 envelope_volume	432170 Å³
水化壳体积 shell_volume	85570 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.8 Å
壳层 Rg shell_rg	49.35 Å
包络 Rg envelope_rg	38.66 Å
形状 Rg shape_rg	39.29 Å
总 Rg total_rg	39.82 Å
总原子数 total_atoms	35554
残基数 n_residues	2298
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.3 Å
Rg (实空间) rg_real	40.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6030e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	929600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7960
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	56.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.018
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.537
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	242600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.815; Stabil: 0.981; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Rrp45
分子量 formula_weight	32470.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	35554

MPREVEPSLSERQFVLQALQEGLRLDGRQLDQYRPLSLTFGDQYGVADVTFGKTRVLAKASAEVTVPYADRPLDGIFTIATELSPMTSPTFEVNRPTETEVLLSRLLEKTIRRSGALDTESLCLVAGQKCWSIRVDVHVMSHDGNLVDAACIAVVAALRHFRKPDTSIESGVLTIYTPAEREPVPLSWLHTPFCVTWSFFGDEGEIAVLDATWLEEQVRVGSCTISMNKHGEICQIAKLGGTPVEAVSLLQCTSIALTKVKEFSDLVDKKLAEDFKRRNPGGLLKELKAENDR

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila DSM 1495
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
分子量 formula_weight	29986.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MPLDTSTYKLALLRVDGRRWNELRRVHAQIRTQAAADGSSYLEMGHTKVMCVVTGPSEPGPRRGTGAGTTGGGGAGGAGGGGSGGQGKEAEVVVSIVIAGFSSVDRKRHGRNDKRIIEMQSTVANALSASLHTHLFPHSQITISLHVLSQDGSLLAALINAATLACVDAGIPMTDYVVACTAGSTSTYAANDENADPLLDLNHQEEQELPWLTVATLGESDKVAVLVCESRVQVSRLEGMLAVGVDGCKQIRAILDHVVRQKGRRMIREGAVEKGVSLDDMDED

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila DSM 1495
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Exoribonuclease-like protein
分子量 formula_weight	39553.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MATDAASAPHSLTFPRGIFAKLSPHPYLLRTLCPDPSNSSSTPQRTNGRRPNEARPFRVNLGSLSHAHGSALVRAGDTTVLCGVRGEVLPVERIPLFRQPDVNGSGIGATVGRGELKEYDLLVPNIELATGSAPQFLPGVPPTALAQTLSTRVYSLLHSTRLVSAEELRIWYRPVATNRSKEGEDVEMEEECQEESGEEQDRVVAYWVLYIDLVFLSFDGNPFDVAWAAVVAALRDTKLPVARWDPDREMVVCSKTETMKLTIKGLPIACSAAVFLEKEHGEVAVGEKNRHWILLDPDRLEESLCKEVITMVVDFSDGETRIRAIEKQGGTVFGRELIRSFALVAEDRWKVVKEVMK

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila DSM 1495
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
分子量 formula_weight	27979.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTTTTATTAPEAALGVLPRADGSARYSHAGYTVTASVNGPIEAQRRDEHPYEAHVDVIVRPAAGVGGTRERHLESILQSSFAQIILVKSFPRSLIQIVLQVEESPENEYVNTKLVQASLNFAVMPALFQTAMLALLSAGVPMRATATATAIALASENGATKTLIDPSPRQVELAQSVHVFAFTSQDELLLAESEGDFTIKEWDAAYETAKNICCRPSPTMDGVQMMAIDDDRLVGPDLRHFIRSTMEAKVATDLHWKS

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila DSM 1495
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
分子量 formula_weight	43949.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSAASSQHVLLSPAELAYLHASLSLTPPIRPDGRSPTQFRPLIAETGILPGANGSARVCFADGTEAIVGVKAEVEKTVSRSKEDEEVGLLVASAGDMDVDDEEGYAKVGADNRTGEASWVEITVEIPGVRDDDSGMVFLAQLLGEALLADGEFVKKLWINRRYHWKLYIDILLISPPLSYPLPLLSLTTHLALLSTRLPRLKSEGDEDPYFDDDWAVAPYLFPRSSSASKSSKSSPTQPTTRPPITLLVMAVGNNILFDPSKEELAVADVALAVSVTATDVDPDESDAQKETATATAGPDSADAAKRGRKLRLLSIRTIDPPSRLTPPGVPNSTNPAAIYGTTSSSGTNGNGQPQQKVESGKISEPIEPIEGVWRAPRGGAKRLVLGALVQKVLEKGGVVDEVLDALEGVELT

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila DSM 1495
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	Exosome complex component MTR3
分子量 formula_weight	30541.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MTDRRRINGPAGATIPPVYEDSGISEVKALKIRSRPSNIIRKIYLKTGVTPSASGSAYLELETSANSGVSGLKLSCTVHGPRSLPRSSPFSPHMVVSTHVKYAPFATKQRRGYLRDPTERDLGIHLEAALRGAIIADRWPKSGVDIIISIIEGDQDREASKTQGDEVWDMMNTLSGCITVASAALADAGIDCVDTVAGGVAALVQDSDGSPEIVVDPIPSEHRKILAACCVAYLPMRDEVTNLWFRGDLPASDMDLYTELVEKGIQASRSANRVLVDCLTETVG

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila DSM 1495
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	Ribosomal RNA-processing protein 40
分子量 formula_weight	27955.1 kDa
突变 mutation	G-1, A0
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MSTTTRPFVLPGETIDPSLVPTHPKHPLRLGPGLRHVPPSDIIPTVAGQLITNLNKNSMWVEYNSQRYVPTQNDLVLAQVLRSTQDSYLCLITPHTPPATLPHLAFESATKKTRPQLQPGQLVYARVSLANRHMDPELECVNPSTGKADGLGPITGPGCVFEVSLGFARRLLMAKSREEGKVGVLEMLAGEDPSIGEAGAGLAFETAVGRNGRVWVGSEDVKTVIIVGRALQETDRGNLTIEGQRKLVRRLLREMR

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila DSM 1495
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 polymer

描述 description	Putative exosome complex protein
分子量 formula_weight	38403.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MPITIHAPLPPPRLHDEDSDVDMSSDSDSSSEGGVPLTSNLPSRAKPKSSLFTTTKSSSDIVTPGELITTSPQFMRGHGTYIPPGTTSIISSVAGTILRTNKLLSVRPLRARYTPEVGDLVVGRIIEVQARRWRVDVGSTQFASLPLSAINLPGGILRKRTETDELQMRSFFSEGDLLVAEVQGVYGDGGAVLHTRSLKYGKLRNGVFVAVSGMGGGGGVVRSRRQVWTLEGANGAGLIDVVLGVNGYVWIAKHTEDGPGEDPNASTKQVGITNLEEGMSANMYSSQNDRIEAETMREIARLRGVVMALVENGLRVDEDMVMRGYREAVEMALVSPEGPEDVYLGGERGRQLAAALTA

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila DSM 1495
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 9 polymer

描述 description	;Putative exosome 3'->5 protein ;
分子量 formula_weight	23886.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MTTTQPTLALPGQLLGPISKYQPGPGTHVHESNLYSSLLGTVHVTQPARAPGPVKRLNRITPAPTPAELPTISVSAARPAGSAASGLVTGRKREILPEVGNIVLCRVIRITPRQAVVTILVCGDTVLDAEWQGLIRVQDIRATEKDRVKVYESFRPGDIVRAEVISLGDQANYYLSTARNELGVILATSEAGNTMYPVSWREYRDPITGLTELRKVAKPY

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila DSM 1495
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	100.525 Å
晶胞边长 b length_b	148.385 Å
晶胞边长 c length_c	195.065 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.810 Å
最低分辨率 resolution_low	48.900 Å
R 因子 r_factor	0.2456
R_work r_work	0.2432
R_free r_free	0.2925

fit	/app/data/saxs_computation/pe/8pel/8pel.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pe/8pel/8pel.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pe/8pel/8pel.dat

Structure of C. thermophilum RNA exosome core

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)