8pf8

Structure of Mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with Fragment-M-72

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 157.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pf8
沉积日期 deposition_date	2023-06-15
结构标题 title	Structure of Mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with Fragment-M-72
关键词 keywords	fatty acid beta oxidation complex, mycobacterium tuberculosis, TFE, fragment screening, substrate channeling, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.75 Å
零角强度 I(0) i0	903651000.00
分子量 molecular_weight	244250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	304050 Å³
包络体积 envelope_volume	413640 Å³
水化壳体积 shell_volume	75242 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.0 Å
壳层 Rg shell_rg	50.30 Å
包络 Rg envelope_rg	45.45 Å
形状 Rg shape_rg	45.78 Å
总 Rg total_rg	45.84 Å
总原子数 total_atoms	17122
残基数 n_residues	2266
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	157.5 Å
Rg (实空间) rg_real	45.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	903500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8551
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.464
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.065
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	112600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.700

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Probable fatty oxidation protein FadB
分子量 formula_weight	78005.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.35
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	17613

MGSSHHHHHHSQDPNSMPDNTIQWDKDADGIVTLTMDDPSGSTNVMNEAYIESMGKAVDRLVAEKDSITGVVVASAKKTFFAGGDVKTMIQARPEDAGDVFNTVETIKRQLRTLETLGKPVVAAINGAALGGGLEIALACHHRIAADVKGSQLGLPEVTLGLLPGGGGVTRTVRMFGIQNAFVSVLAQGTRFKPAKAKEIGLVDELVATVEELVPAAKAWIKEELKANPDGAGVQPWDKKGYKMPGGTPSSPGLAAILPSFPSNLRKQLKGAPMPAPRAILAAAVEGAQVDFDTASRIESRYFASLVTGQVAKNMMQAFFFDLQAINAGGSRPEGIGKTPIKRIGVLGAGMMGAGIAYVSAKAGYEVVLKDVSLEAAAKGKGYSEKLEAKALERGRTTQERSDALLARITPTADAADFKGVDFVIEAVFENQELKHKVFGEIEDIVEPNAILGSNTSTLPITGLATGVKRQEDFIGIHFFSPVDKMPLVEIIKGEKTSDEALARVFDYTLAIGKTPIVVNDSRGFFTSRVIGTFVNEALAMLGEGVEPASIEQAGSQAGYPAPPLQLSDELNLELMHKIAVATRKGVEDAGGTYQPHPAEAVVEKMIELGRSGRLKGAGFYEYADGKRSGLWPGLRETFKSGSSQPPLQDMIDRMLFAEALETQKCLDEGVLTSTADANIGSIMGIGFPPWTGGSAQFIVGYSGPAGTGKAAFVARARELAAAYGDRFLPPESLLS

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Putative acyltransferase Rv0859
分子量 formula_weight	42460.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MSEEAFIYEAIRTPRGKQKNGSLHEVKPLSLVVGLIDELRKRHPDLDENLISDVILGCVSPVGDQGGDIARAAVLASGMPVTSGGVQLNRFCASGLEAVNTAAQKVRSGWDDLVLAGGVESMSRVPMGSDGGAMGLDPATNYDVMFVPQSIGADLIATIEGFSREDVDAYALRSQQKAAEAWSGGYFAKSVVPVRDQNGLLILDHDEHMRPDTTKEGLAKLKPAFEGLAALGGFDDVALQKYHWVEKINHVHTGGNSSGIVDGAALVMIGSAAAGKLQGLTPRARIVATATSGADPVIMLTGPTPATRKVLDRAGLTVDDIDLFELNEAFASVVLKFQKDLNIPDEKLNVNGGAIAMGHPLGATGAMILGTMVDELERRNARRALITLCIGGGMGVATIIERV

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	(2~{R})-3-bis[2-methyl-5-(trifluoromethyl)pyrazol-3-yl]boranyloxypropane-1,2-diol
分子量 formula_weight	400.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-[2-methyl-5-(trifluoromethyl)pyrazol-3-yl]borinic acid
分子量 formula_weight	268.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	bis[2-methyl-5-(trifluoromethyl)pyrazol-3-yl]-bis(oxidanyl)boranuide
分子量 formula_weight	343.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	[2-methyl-5-(trifluoromethyl)pyrazol-3-yl]boronic acid
分子量 formula_weight	193.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	491

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	250.961 Å
晶胞边长 b length_b	134.614 Å
晶胞边长 c length_c	119.974 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.44 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.230 Å
最低分辨率 resolution_low	112.420 Å
R 因子 r_factor	0.1908
R_work r_work	0.1893
R_free r_free	0.2188

fit	/app/data/saxs_computation/pf/8pf8/8pf8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pf/8pf8/8pf8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pf/8pf8/8pf8.dat

Structure of Mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with Fragment-M-72

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)