8pis

Crystal structure of Ser33 in complex with L-Serine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 162.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pis
沉积日期 deposition_date	2023-06-22
最后修订 last_revision	2025-01-15
结构标题 title	Crystal structure of Ser33 in complex with L-Serine
关键词 keywords	Enzyme protein, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.62 Å
零角强度 I(0) i0	1959130000.00
分子量 molecular_weight	367860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	459650 Å³
包络体积 envelope_volume	660800 Å³
水化壳体积 shell_volume	106760 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.6 Å
壳层 Rg shell_rg	56.87 Å
包络 Rg envelope_rg	48.75 Å
形状 Rg shape_rg	50.64 Å
总 Rg total_rg	50.72 Å
总原子数 total_atoms	25922
残基数 n_residues	3493
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	162.9 Å
Rg (实空间) rg_real	50.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9590e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1960000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8623
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.229
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.197
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	96320000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.703

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	phosphoglycerate dehydrogenase
分子量 formula_weight	51515.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	26154

GSGAMSYSAADNLQDSFQRAMNFSGSPGAVSTSPTQSFMNTLPRRVSITKQPKALKPFSTGDMNILLLENVNATAIKIFKDQGYQVEFHKSSLPEDELIEKIKDVHAIGIRSKTRLTEKILQHARNLVCIGCFCIGTNQVDLKYAASKGIAVFNSPFSNSRSVAELVIGEIISLARQLGDRSIELHTGTWNKVAARCWEVRGKTLGIIGYGHIGSQLSVLAEAMGLHVLYYDIVTIMALGTARQVSTLDELLNKSDFVTLHVPATPETEKMLSAPQFAAMKDGAYVINASRGTVVDIPSLIQAVKANKIAGAALDVYPHEPAKNGEGSFNDELNSWTSELVSLPNIILTPHIGGSTEEAQSSIGIEVATALSKYINEGNSVGSVNFPEVSLKSLDYDQENTVRVLYIHRNVPGVLKTVNDILSDHNIEKQFSDSHGEIAYLMADISSVNQSEIKDIYEKLNQTSAKVSIRLLY

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	phosphoglycerate dehydrogenase
分子量 formula_weight	869.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,M,N,O,Q,L

XXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	SERINE
分子量 formula_weight	105.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	223

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.115 Å
晶胞边长 b length_b	110.735 Å
晶胞边长 c length_c	117.027 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	64.42 °
晶胞夹角 β angle_beta	65.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	67.03 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.690 Å
最低分辨率 resolution_low	43.110 Å
R 因子 r_factor	0.2184
R_work r_work	0.2157
R_free r_free	0.2645

fit	/app/data/saxs_computation/pi/8pis/8pis.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pi/8pis/8pis.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pi/8pis/8pis.dat

Crystal structure of Ser33 in complex with L-Serine

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)