8pj0

;Pseudomonas aeruginosa FabF C164A mutant in complex with N-(1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazol-4-yl)-3-methylbutanamide ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 123.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pj0
沉积日期 deposition_date	2023-06-22
结构标题 title	;Pseudomonas aeruginosa FabF C164A mutant in complex with N-(1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazol-4-yl)-3-methylbutanamide ;
关键词 keywords	inhibitor, protein-ligand complex, FabF, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.22 Å
零角强度 I(0) i0	508765000.00
分子量 molecular_weight	177520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	219290 Å³
包络体积 envelope_volume	260840 Å³
水化壳体积 shell_volume	55987 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.7 Å
壳层 Rg shell_rg	44.86 Å
包络 Rg envelope_rg	37.94 Å
形状 Rg shape_rg	38.23 Å
总 Rg total_rg	38.52 Å
总原子数 total_atoms	12402
残基数 n_residues	1648
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.5 Å
Rg (实空间) rg_real	38.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	508800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8901
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.292
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.674
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	145800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.841

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
分子量 formula_weight	43265.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.179
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13316

SRRRVVITGMGMLSPLGLDVPSSWEGILAGRSGIAPIEHMDLSAYSTRFGGSVKGFNVEEYLSAKEARKLDLFIQYGLAASFQAVRDSGLEVTDANRERIGVSMGSGIGGLTNIENNCRSLFEQGPRRISPFFVPGSIINMVSGFLSIHLGLQGPNYALTTAATTGTHSIGMAARNIAYGEADVMVAGGSEMAACGLGLGGFGAARALSTRNDEPTRASRPWDRDRDGFVLSDGSGALVLEELEHARARGARIYAELVGFGMSGDAFHMTAPPEDGAGAARCMKNALRDAGLDPRQVDYINAHGTSTPAGDIAEIAAVKSVFGEHAHALSMSSTKSMTGHLLGAAGAVEAIFSVLALRDQVAPPTINLDNPDEGCDLDLVAHEAKPRKIDVALSNSFGFGGTNGTLVFRRFA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	~{N}-(1,5-dimethyl-3-oxidanylidene-2-phenyl-pyrazol-4-yl)-3-methyl-butanamide
分子量 formula_weight	287.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	789

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.461 Å
晶胞边长 b length_b	141.345 Å
晶胞边长 c length_c	72.484 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	48.830 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1620
R_free r_free	0.1820

fit	/app/data/saxs_computation/pj/8pj0/8pj0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pj/8pj0/8pj0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pj/8pj0/8pj0.dat

;Pseudomonas aeruginosa FabF C164A mutant in complex with N-(1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazol-4-yl)-3-methylbutanamide ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction