SAXSdb — 8pkh

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pkh
沉积日期 deposition_date	2023-06-26
结构标题 title	Borrelia bacteriophage BB1 procapsid, fivefold-symmetrized outer shell
关键词 keywords	Bacteriophage, capsid, procapsid, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	279.50 Å
零角强度 I(0) i0	282226000000.00
分子量 molecular_weight	4734200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	5993000 Å³
包络体积 envelope_volume	15674000 Å³
水化壳体积 shell_volume	517910 Å³
包络直径 envelope_diameter	969.4 Å
壳层 Rg shell_rg	155.00 Å
包络 Rg envelope_rg	280.50 Å
形状 Rg shape_rg	279.50 Å
总 Rg total_rg	279.50 Å
总原子数 total_atoms	333778
残基数 n_residues	41908
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	693.6 Å
Rg (实空间) rg_real	244.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6440e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9250e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	135.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	188100000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7994
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	138.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.439
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.329
角度范围 angular_range	— – 0.0250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.1210
最高正则化参数 α highest_alpha	1573000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	6
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 17.560; Oscil: 0.661; Stabil: 0.912; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.630; Smooth: 0.043

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	36255.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	83

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;AA,AB,AC,AD,AE,AF,AG,AH,AI,AJ,AK,AL,AM,AN,AO,AP,AQ,AR,AS,AT,AU,AV,AW,AX,AY,AZ,BA,BB,BC,BD,BE,BF,BG,BH,BI,BJ,BK,BL,BM,BN,BO,BP,BQ,BR,BS,BT,BU,BV,BW,BX,BY,BZ,CA,CB,CC,CD,CE,CF,CG,CH,CI,CJ,CK,CL,CM,CN,CO,CP,CQ,CR,CS,CT,CU,CV,CW,CX,CY,CZ,DA,DB,DC,DD,DE ;
原子数 atom_count	333778

MELFDENYYAKAVANIIGEVKDPIMYKWFSPDQIEDVDLQMGYQKTVKWDAFLNANPTTIANEVNTISTIGFSSEVVRLNYLKLQYKFRHLKQTSEKFYTSDSYIGDINNNLLPFAQAYKLASSEIIKLINHFVLTGTVSIQKDGKNQKRLLPNMYGLLNMPEQIKEEVASGDKDKMDKIFEKIEAGLSKLELGDEFSTPMMVIVDPATSLKLVKPYAAAQGAASSCEKWEDVLIQTIKAINNREDVYIETSNLLKHKILIYPLNSELIKFKPSKYMLPTPNEQVDKDSTDVAHSYIDFVLGGLLATRKTILQVNIKQS

来源 Source

来源生物 organism	Borreliella burgdorferi B31
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224326
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	Decorator protein P03
分子量 formula_weight	20026.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	56

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;DF,DG,DH,DI,DJ,DK,DL,DM,DN,DO,DP,DQ,DR,DS,DT,DU,DV,DW,DX,DY,DZ,EA,EB,EC,ED,EE,EF,EG,EH,EI,EJ,EK,EL,EM,EN,EO,EP,EQ,ER,ES,ET,EU,EV,EW,EX,EY,EZ,FA,FB,FC,FD,FE,FF,FG,FH,FI ;

MSDITKIKQEFDKKVAEIQALMKNPQQDSGLLSNSIDFRDQNLIFSNSGGVCTSSKDKIENYPAKGYPYKRGVKLSFGDGTTELEVEAGGGDDLYGVCSDIDEFSGMATVIPITNNFTGYLTLKKDGQNGVNPGDKLNFNQHGELEKVTGAQKSVNAIALSKAHKLTEDLFIVLASVFGNRAIKG

来源 Source

来源生物 organism	Borreliella burgdorferi B31
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224326
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 3 polymer

描述 description	Decorator protein P04
分子量 formula_weight	28067.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	FJ

MALKGNMQVENLEAVEDPQVDLGAQVSAAPRAKRQARQAEDVQGEDPYLESISELDDVLLKFKKYSKSMSSIENKVFSSSSGCFKSKNERVDAYSFACSSYTDKIEEYLYDPANSFPYKRGVKLVPKENSIYVEVGADTDMYGICVDVCEFSCTAYVLPITNNFEGYLVTRNPSIKIGEILDINNNGVIIKAGGGPPTAINIYALSDSFTINFAPEDGNQDQNRYPRQEYSINLIKVAIFGNRGLEKTVNPDGG

来源 Source

来源生物 organism	Borreliella burgdorferi B31
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224326
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 4 polymer

描述 description	Decorator protein P05
分子量 formula_weight	21274.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	26

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	FK,FL,FM,FN,FO,FP,FQ,FR,FS,FT,FU,FV,FW,FX,FY,FZ,GA,GB,GC,GD,GE,GF,GG,GH,GI,GJ

MGDTTQLVKEYQEKRSKLEKFMKNPQHDASLLSNSNEFRDKNVEFFASGGTRTSKFDKLENHPFLGYPYKRGVKRVIQEAQDNQSHYEPHVEAGGGEDLYGICIDIDEFSKTATIVPITNNFEGYLVAKDSTVKVKDKLIFNKDGALEKVTGAPNKATINATALTDAKQISNEVYLVKVAVFGNKAMSRN

来源 Source

来源生物 organism	Borreliella burgdorferi B31
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224326
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 5 polymer

描述 description	Scaffold protein
分子量 formula_weight	26710.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	83

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;GK,GL,GM,GN,GO,GP,GQ,GR,GS,GT,GU,GV,GW,GX,GY,GZ,HA,HB,HC,HD,HE,HF,HG,HH,HI,HJ,HK,HL,HM,HN,HO,HP,HQ,HR,HS,HT,HU,HV,HW,HX,HY,HZ,IA,IB,IC,ID,IE,IF,IG,IH,II,IJ,IK,IL,IM,IN,IO,IP,IQ,IR,IS,IT,IU,IV,IW,IX,IY,IZ,JA,JB,JC,JD,JE,JF,JG,JH,JI,JJ,JK,JL,JM,JN,JO ;

MTEKEEKEDLQAQDKEEQQIKADTKVISVQEFEEYMRFKEQANSKSKETSRDLSINERITKELAEVEERERIEKQLLLEAERINEIDTLAKAHLSNHFNKEVLLAKGYTLKDIMQAQRRELVRKFVPIEQIKAIAKVSDISHIDGEILEQLVSLAKVNIKLRKNASSSSSSVDSIKGNIAIKSEERASLLDSNFVPINFTEFVQAISNTYKQRRIQFYENLKRHKRTSIA

来源 Source

来源生物 organism	Borreliella burgdorferi B31
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224326
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.35 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	25958

fit	/app/data/saxs_computation/pk/8pkh/8pkh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pk/8pkh/8pkh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pk/8pkh/8pkh.dat

Borrelia bacteriophage BB1 procapsid, fivefold-symmetrized outer shell

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)