8pm4

Cryo-EM structure of the Cas12m-crRNA-target DNA complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 90.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pm4
沉积日期 deposition_date	2023-06-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Cas12m-crRNA-target DNA complex
关键词 keywords	Cas12, Cas12m, CRISPR-Cas, RuvC, crRNA, PAM, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.87 Å
零角强度 I(0) i0	227414000.00
分子量 molecular_weight	95835.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109750 Å³
包络体积 envelope_volume	148000 Å³
水化壳体积 shell_volume	41805 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.4 Å
壳层 Rg shell_rg	37.07 Å
包络 Rg envelope_rg	28.56 Å
形状 Rg shape_rg	28.86 Å
总 Rg total_rg	29.50 Å
总原子数 total_atoms	6624
残基数 n_residues	700
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	227400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9055
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.091
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.517
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.987

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Transposase
分子量 formula_weight	68223.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6624

SNAGGGGMTRVTVQTAGVHYKWQMPDQLTQQLRLAHDLREDLVTLEYEYEDAVKAVWSSYPAVAALEAQVAELDERASELASTVKEEKSRQRTKRPSHPAVAQLAETRAQLKAAKASRREAIASVRDEATERLRTISDERYAAQKQLYRDYCTDGLLYWATFNAVLDHHKTAVKRIAAHRKQGRAAQLRHHRWDGTGTISVQLQRQATDPARTPAIIADADTGKWRSSLIVPWVNPDVWDTMDRASRRKAGRVVIRMRCGSSRNPDGTKTSEWIDVPVQQHRMLPADADITAAQLTVRREGADLRATIGITAKIPDQGEVDEGPTIAVHLGWRSSDHGTVVATWRSTEPLDIPETLRGVITTQSAERTVGSIVVPHRIEQRVHHHATVASHRDLAVDSIRDTLVAWLTEHGPQPHPYDGDPITAASVQRWKAPRRFAWLALQWRDTPPPEGADIAETLEAWRRADKKLWLESEHGRGRALRHRTDLHRQVAAYFAGVAGRIVVDDSDIAQIAGTAKHSELLTDVDRQIARRRAIAAPGMLRAAIVAAATRDEVPTTTVSHTGLSRVHAACGHENPADDRYLMQPVLCDGCGRTYDTDLSATILMLQRASAATSN

来源 Source

来源生物 organism	Gordonia otitidis NBRC 100426
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1108044
宿主生物 host_organism	Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B

Entity 2 polymer

描述 description	crRNA, chain B
分子量 formula_weight	18751.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GGGUGUCAACGCCAGCGCGGAGGCGUCAAAUCCGCGACAGUUGACCCAACGUCGCCGG

Entity 3 polymer

描述 description	DNA oligoduplex, target strand, chain C
分子量 formula_weight	13556.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CCGGCGACGTTGGGTCAACTGAAATGTCTGTTTCTCAACAAAAA

Entity 4 polymer

描述 description	DNA oligoduplex, non-target strand, chain D
分子量 formula_weight	13543.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CCGGCGACGTTGGGTCAACTGAAACAGACATTTCTCAACAAAAA

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.93 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	204822

fit	/app/data/saxs_computation/pm/8pm4/8pm4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pm/8pm4/8pm4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pm/8pm4/8pm4.dat

Cryo-EM structure of the Cas12m-crRNA-target DNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)