8pml

Structure of Nal1 protein , SPIKE allele from japonica rice, construct 46-458

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 127.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pml
沉积日期 deposition_date	2023-06-29
结构标题 title	Structure of Nal1 protein , SPIKE allele from japonica rice, construct 46-458
关键词 keywords	Serine protease, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.88 Å
零角强度 I(0) i0	1075740000.00
分子量 molecular_weight	266780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	332360 Å³
包络体积 envelope_volume	466230 Å³
水化壳体积 shell_volume	88622 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.2 Å
壳层 Rg shell_rg	51.21 Å
包络 Rg envelope_rg	40.17 Å
形状 Rg shape_rg	41.84 Å
总 Rg total_rg	42.43 Å
总原子数 total_atoms	18777
残基数 n_residues	2411
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0760e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6130e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1076000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8852
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.098
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.548
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	188200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.929

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein NARROW LEAF 1
分子量 formula_weight	45211.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	18777

NSAAYFLWPTSNLQHCAAEGRANYFGNLQKGLLPRHPGRLPKGQQANSLLDLMTIRAFHSKILRRFSLGTAVGFRIRKGDLTDIPAILVFVARKVHKKWLNPAQCLPAILEGPGGVWCDVDVVEFSYYGAPAQTPKEQMFSELVDKLCGSDECIGSGSQVASHETFGTLGAIVKRRTGNKQVGFLTNHHVAVDLDYPNQKMFHPLPPNLGPGVYLGAVERATSFITDDVWYGIYAGTNPETFVRADGAFIPFADDFDISTVTTVVRGVGDIGDVKVIDLQCPLNSLIGRQVCKVGRSSGHTTGTVMAYALEYNDEKGICFFTDILVVGENRQTFDLEGDSGSLIILTSQDGEKPRPIGIIWGGTANRGRLKLTSDHGPENWTSGVDLGRLLDRLELDIIITNESLQDAVQQQR

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa Japonica Group
通用名 common_name	Japanese rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39947
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	175.428 Å
晶胞边长 b length_b	193.360 Å
晶胞边长 c length_c	84.037 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	87.710 Å
R 因子 r_factor	0.2074
R_work r_work	0.2051
R_free r_free	0.2520

fit	/app/data/saxs_computation/pm/8pml/8pml.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pm/8pml/8pml.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pm/8pml/8pml.dat

Structure of Nal1 protein , SPIKE allele from japonica rice, construct 46-458

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction